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R broom tidy.cch 整理 a(n) cch 对象


Tidy 总结了有关模型组件的信息。模型组件可能是回归中的单个项、单个假设、聚类或类。 tidy 所认为的模型组件的确切含义因模型而异，但通常是不言而喻的。如果模型具有多种不同类型的组件，您将需要指定要返回哪些组件。

用法

# S3 method for cch
tidy(x, conf.level = 0.95, ...)

参数

x

从 survival::cch() 返回的 cch 对象。

conf.level

CI 的置信水平

...

附加参数。不曾用过。仅需要匹配通用签名。注意：拼写错误的参数将被吸收到 ... 中，并被忽略。如果拼写错误的参数有默认值，则将使用默认值。例如，如果您传递 conf.lvel = 0.9 ，所有计算将使用 conf.level = 0.95 进行。这里有两个异常：

  • tidy() 方法在提供 exponentiate 参数时会发出警告(如果该参数将被忽略)。

  • augment() 方法在提供 newdata 参数时会发出警告(如果该参数将被忽略)。

值

带有列的 tibble::tibble()：

conf.high

估计置信区间的上限。

conf.low

估计置信区间的下限。

estimate

回归项的估计值。

p.value

与观察到的统计量相关的两侧 p 值。

statistic

在回归项非零的假设中使用的 T-statistic 的值。

std.error

回归项的标准误差。

term

回归项的名称。

例子


# load libraries for models and data
library(survival)

# examples come from cch documentation
subcoh <- nwtco$in.subcohort
selccoh <- with(nwtco, rel == 1 | subcoh == 1)
ccoh.data <- nwtco[selccoh, ]
ccoh.data$subcohort <- subcoh[selccoh]

# central-lab histology
ccoh.data$histol <- factor(ccoh.data$histol, labels = c("FH", "UH"))

# tumour stage
ccoh.data$stage <- factor(ccoh.data$stage, labels = c("I", "II", "III", "IV"))
ccoh.data$age <- ccoh.data$age / 12 # age in years

# fit model
fit.ccP <- cch(Surv(edrel, rel) ~ stage + histol + age,
  data = ccoh.data,
  subcoh = ~subcohort, id = ~seqno, cohort.size = 4028
)

# summarize model fit with tidiers + visualization
tidy(fit.ccP)
#> # A tibble: 5 × 7
#>   term     estimate std.error statistic  p.value conf.low conf.high
#>   <chr>       <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>    <dbl>     <dbl>
#> 1 stageII    0.735     0.168       4.36 1.30e- 5  0.404      1.06  
#> 2 stageIII   0.597     0.173       3.44 5.77e- 4  0.257      0.937 
#> 3 stageIV    1.38      0.205       6.76 1.40e-11  0.983      1.79  
#> 4 histolUH   1.50      0.160       9.38 0         1.19       1.81  
#> 5 age        0.0433    0.0237      1.82 6.83e- 2 -0.00324    0.0898

# coefficient plot
library(ggplot2)

ggplot(tidy(fit.ccP), aes(x = estimate, y = term)) +
  geom_point() +
  geom_errorbarh(aes(xmin = conf.low, xmax = conf.high), height = 0) +
  geom_vline(xintercept = 0)

相关用法


注：本文由纯净天空筛选整理自等大神的英文原创作品 Tidy a(n) cch object。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。