当前位置: 首页>>代码示例 >>用法及示例精选 >>正文

R broom glance.survfit 浏览 a(n) survfit 对象


Glance 接受模型对象并返回 tibble::tibble()，其中仅包含一行模型摘要。摘要通常是拟合优度度量、残差假设检验的 p 值或模型收敛信息。

Glance 永远不会返返回自对建模函数的原始调用的信息。这包括建模函数的名称或传递给建模函数的任何参数。

Glance 不计算汇总度量。相反，它将这些计算外包给适当的方法并将结果收集在一起。有时拟合优度测量是不确定的。在这些情况下，该度量将报告为 NA 。

无论模型矩阵是否秩亏，Glance 都会返回相同的列数。如果是这样，则不再具有明确定义值的列中的条目将使用适当类型的 NA 进行填充。

用法

# S3 method for survfit
glance(x, ...)

参数

x

从 survival::survfit() 返回的 survfit 对象。

...

传递给 summary.survfit() 的其他参数。重要参数包括 rmean 。

值

恰好只有一行和一列的 tibble::tibble()：

events

事件数量。

n.max

处于危险中的受试者的最大数量。

n.start

处于危险中的受试者的初始数量。

nobs

使用的观察数。

records

观察次数

rmean

限制平均值(参见 [survival::print.survfit()])。

rmean.std.error

限制平均标准误。

conf.low

中位数置信区间的下限

conf.high

中位数置信区间的上限

median

中位生存期

例子


# load libraries for models and data
library(survival)

# fit model
cfit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex, lung)
sfit <- survfit(cfit)

# summarize model fit with tidiers + visualization
tidy(sfit)
#> # A tibble: 186 × 8
#>     time n.risk n.event n.censor estimate std.error conf.high conf.low
#>    <dbl>  <dbl>   <dbl>    <dbl>    <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>
#>  1     5    228       1        0    0.996   0.00419     1        0.988
#>  2    11    227       3        0    0.983   0.00845     1.00     0.967
#>  3    12    224       1        0    0.979   0.00947     0.997    0.961
#>  4    13    223       2        0    0.971   0.0113      0.992    0.949
#>  5    15    221       1        0    0.966   0.0121      0.990    0.944
#>  6    26    220       1        0    0.962   0.0129      0.987    0.938
#>  7    30    219       1        0    0.958   0.0136      0.984    0.933
#>  8    31    218       1        0    0.954   0.0143      0.981    0.927
#>  9    53    217       2        0    0.945   0.0157      0.975    0.917
#> 10    54    215       1        0    0.941   0.0163      0.972    0.911
#> # ℹ 176 more rows
glance(sfit)
#> # A tibble: 1 × 10
#>   records n.max n.start events rmean rmean.std.error median conf.low
#>     <dbl> <dbl>   <dbl>  <dbl> <dbl>           <dbl>  <dbl>    <dbl>
#> 1     228   228     228    165  381.            20.3    320      285
#> # ℹ 2 more variables: conf.high <dbl>, nobs <int>

library(ggplot2)

ggplot(tidy(sfit), aes(time, estimate)) +
  geom_line() +
  geom_ribbon(aes(ymin = conf.low, ymax = conf.high), alpha = .25)


# multi-state
fitCI <- survfit(Surv(stop, status * as.numeric(event), type = "mstate") ~ 1,
  data = mgus1, subset = (start == 0)
)

td_multi <- tidy(fitCI)

td_multi
#> # A tibble: 711 × 9
#>     time n.risk n.event n.censor estimate std.error conf.high conf.low
#>    <dbl>  <int>   <int>    <int>    <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>
#>  1     6    241       0        0    0.996   0.00414     1        0.988
#>  2     7    240       0        0    0.992   0.00584     1        0.980
#>  3    31    239       0        0    0.988   0.00714     1        0.974
#>  4    32    238       0        0    0.983   0.00823     1.00     0.967
#>  5    39    237       0        0    0.979   0.00918     0.997    0.961
#>  6    60    236       0        0    0.975   0.0100      0.995    0.956
#>  7    61    235       0        0    0.967   0.0115      0.990    0.944
#>  8   152    233       0        0    0.963   0.0122      0.987    0.939
#>  9   153    232       0        0    0.959   0.0128      0.984    0.934
#> 10   174    231       0        0    0.954   0.0134      0.981    0.928
#> # ℹ 701 more rows
#> # ℹ 1 more variable: state <chr>

ggplot(td_multi, aes(time, estimate, group = state)) +
  geom_line(aes(color = state)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = conf.low, ymax = conf.high), alpha = .25)

相关用法


注：本文由纯净天空筛选整理自等大神的英文原创作品 Glance at a(n) survfit object。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。