本文整理汇总了Python中molecule.Molecule.xyzs[0]方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.xyzs[0]方法的具体用法？Python Molecule.xyzs[0]怎么用？Python Molecule.xyzs[0]使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.xyzs[0]方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: _exec
# 需要导入模块: from molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from molecule.Molecule import xyzs[0] [as 别名]
_exec("mdrun_d -nt 1 -v -stepout 10 -deffnm eq", print_to_screen=False)
_exec("trjconv_d -s eq.tpr -f eq.trr -o eq.gro -ndec 9 -pbc mol -dump 1", stdin="0\n")
# Confirm that constraints are satisfied
OMM_eqgro = app.GromacsGroFile('eq.gro')
OMM_prmtop = app.AmberPrmtopFile('prmtop')
system = OMM_prmtop.createSystem(nonbondedMethod=app.NoCutoff)
integ = mm.VerletIntegrator(1.0*u.femtosecond)
plat = mm.Platform.getPlatformByName('Reference')
simul = app.Simulation(OMM_prmtop.topology, system, integ)
simul.context.setPositions(OMM_eqgro.positions)
simul.context.applyConstraints(1e-12)
state = simul.context.getState(getPositions=True)
pos = np.array(state.getPositions().value_in_unit(u.angstrom)).reshape(-1,3)
M = Molecule('eq.gro')
M.xyzs[0] = pos
M.write('constrained.gro')
# Gromacs calculation
GMX_Energy, GMX_Force, Ecomps_GMX = Calculate_GMX('constrained.gro', 'topol.top', 'shot.mdp')
GMX_Force = GMX_Force.reshape(-1,3)
# Print Gromacs energy components
printcool_dictionary(Ecomps_GMX, title="GROMACS energy components")
# Parse the .mdp file to inform ParmEd
defines, sysargs, mdp_opts = interpret_mdp('shot.mdp')
parm = parmed.amber.AmberParm('prmtop', 'inpcrd')
GmxGro = parmed.gromacs.GromacsGroFile.parse('constrained.gro')
parm.box = GmxGro.box