本文整理汇总了Python中molecule.Molecule.get_coordinates方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.get_coordinates方法的具体用法？Python Molecule.get_coordinates怎么用？Python Molecule.get_coordinates使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.get_coordinates方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: LeastSquaresCharges
# 需要导入模块: from molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from molecule.Molecule import get_coordinates [as 别名]
class LeastSquaresCharges(LeastSquaresBasic):
def __init__(self, data):
self.molecule = Molecule(atoms=data['atoms'])
self.grid = Grid(data)
self.setA()
reference = self.grid.get_properties(property_name=data['property'],\
theory='%s_%s' % (data['theory'], data['basis']))
LeastSquaresBasic.__init__(self, A=self.A, b=reference)
def setA(self):
n_p = len(self.grid.points)
n_s = len(self.molecule.sites_noneq)
self.A = np.zeros((n_p, n_s))
for i in xrange(n_p):
proton = Site(coordinates=self.grid.points[i].coordinates, name='H+',index=1)
for j, name in enumerate(self.molecule.sites_names_noneq):
for site in self.molecule.get_sites(name=name):
self.A[i,j] += 1/site.distance_to(proton)
def setA_fast(self):
grid_coordinates = self.grid.get_coordinates()
sites_coordinates = self.molecule.get_coordinates()
self.A = fast.set_inversed(grid_coordinates, sites_coordinates, \
len(self.molecule.sites_names_eq), self.molecule.sym_sites)
@property
def charges(self):
charges = {}
for q, name in zip(self.solution, self.molecule.sites_names):
charges[name] = q
return charges