本文整理汇总了Python中molecule.Molecule.__len__方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.__len__方法的具体用法？Python Molecule.__len__怎么用？Python Molecule.__len__使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.__len__方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: open
# 需要导入模块: from molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from molecule.Molecule import __len__ [as 别名]
import sys
sys.path.insert(0, '../extra-files')
sys.path.insert(0, '../../0/aewiens')
import masses
from molecule import Molecule
import numpy as np
from scipy import linalg as la
##### Read in the molecule
f = open("../extra-files/molecule.xyz").readlines()
mol = Molecule(f,"Bohr")
mol.angs()
N = mol.__len__()
##### Read in the Hessian
g = open("../extra-files/hessian.dat","r")
H0 = np.matrix([i.split() for i in g.readlines()],float)
##### Construct M^{-1/2} (diagonal matrix)
m = []
for i in mol.atoms:
m += [1/(masses.get_mass(i))**0.5]*3
M = np.diag(m)
##### Mass-weight the Hessian