本文整理汇总了Python中molecule.Molecule.ang_to_bohr方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.ang_to_bohr方法的具体用法？Python Molecule.ang_to_bohr怎么用？Python Molecule.ang_to_bohr使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.ang_to_bohr方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: open
# 需要导入模块: from molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from molecule.Molecule import ang_to_bohr [as 别名]
# Numerical Hessian - written by quantumbutterfly 2015-07-24
# Last updated: 2015-07-28
#################################################################
import os
import sys
sys.path.append("../../0/quantumbutterfly/")
from molecule import Molecule
import numpy as np
#Initialize a molecule object from .xyz molecular geom file
geom_str = open("../../extra-files/molecule.xyz").read()
mol = Molecule(geom_str)
#mol.mol_print()
#Convert geometry to Bohr
mol = mol.ang_to_bohr()
#Copy molecular attributes
num = mol.num
atoms = mol.atoms
coords = mol.coords
#Displacement in Bohr
h = 0.005
#Function to construct input files given a directory, list of atom
#labels and a list of lists of coordinates
def make_input(dirname,labels,coords):
with open(dirname + "/input.dat",'w') as f:
f.write("molecule {\nunits bohr\n")
for k in range(0, num):