本文整理汇总了Python中molecule.Molecule.pIC方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.pIC方法的具体用法？Python Molecule.pIC怎么用？Python Molecule.pIC使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.pIC方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: filterByActivity
# 需要导入模块: from molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from molecule.Molecule import pIC [as 别名]
def filterByActivity(arr,params):
retarr=[]
discard=[0,0,0,0,0,0,0,0]
mols={}
for line in arr:
#print(line)
if not line[u'bioactivity_type'] == u'IC50':
discard[0]+=1
continue
if line[u"target_confidence"]<7:
discard[1]+=1
continue
if line[u"units"]!=u"nM":
discard[2]+=1
continue
value=0.0
try:
value=float(line[u"value"])
except ValueError:
discard[3]+=1
continue
if value > 1000:
discard[4]+=1
continue
mol=Molecule(line[u'parent_cmpd_chemblid'])
#mol.id=line[u'ingredient_cmpd_chemblid']
if(mol.id in mols):
discard[5]+=1
continue
else:
mols[mol.id]=True
mol.pIC=-math.log(value)
retarr.append(mol)
discard[6]+=1
print(discard)
return retarr