R cophenetic 层次聚类的共表距离

说明

计算层次聚类的共表距离。

用法

cophenetic(x)
## Default S3 method:
cophenetic(x)
## S3 method for class 'dendrogram'
cophenetic(x)

参数

x	表示层次聚类的 R 对象。对于默认方法，类 "hclust" 的对象或具有 as.hclust() 方法的对象，例如包 cluster 中的 "agnes" 。

细节

已聚类的两个观测值之间的共表距离定义为两个观测值首次组合成单个簇时的组间差异。请注意，这个距离有很多联系和限制。

可以说，如果原始距离和共表距离之间的相关性很高，则树状图是某些数据的适当总结。否则，它应该简单地被视为聚类算法输出的说明。

cophenetic 是一个通用函数。可以通过为此类类提供 as.hclust() 或更直接的 cophenetic() 方法来添加对表示层次聚类(总索引层次结构)的类的支持。

"dendrogram" 类对象的方法要求树形图对象的所有叶子都具有非空标签。

值

类 "dist" 的对象。

例子

require(graphics)

d1 <- dist(USArrests)
hc <- hclust(d1, "ave")
d2 <- cophenetic(hc)
cor(d1, d2) # 0.7659

## Example from Sneath & Sokal, Fig. 5-29, p.279
d0 <- c(1,3.8,4.4,5.1, 4,4.2,5, 2.6,5.3, 5.4)
attributes(d0) <- list(Size = 5, diag = TRUE)
class(d0) <- "dist"
names(d0) <- letters[1:5]
d0
utils::str(upgma <- hclust(d0, method = "average"))
plot(upgma, hang = -1)
#
(d.coph <- cophenetic(upgma))
cor(d0, d.coph) # 0.9911

作者

Robert Gentleman

参考

Sneath, P.H.A. and Sokal, R.R. (1973) Numerical Taxonomy: The Principles and Practice of Numerical Classification, p. 278 ff; Freeman, San Francisco.

也可以看看

dist , hclust