R cophenetic 層次聚類的共表距離

說明

計算層次聚類的共表距離。

用法

cophenetic(x)
## Default S3 method:
cophenetic(x)
## S3 method for class 'dendrogram'
cophenetic(x)

參數

x	表示層次聚類的 R 對象。對於默認方法，類 "hclust" 的對象或具有 as.hclust() 方法的對象，例如包 cluster 中的 "agnes" 。

細節

已聚類的兩個觀測值之間的共表距離定義為兩個觀測值首次組合成單個簇時的組間差異。請注意，這個距離有很多聯係和限製。

可以說，如果原始距離和共表距離之間的相關性很高，則樹狀圖是某些數據的適當總結。否則，它應該簡單地被視為聚類算法輸出的說明。

cophenetic 是一個通用函數。可以通過為此類類提供 as.hclust() 或更直接的 cophenetic() 方法來添加對表示層次聚類(總索引層次結構)的類的支持。

"dendrogram" 類對象的方法要求樹形圖對象的所有葉子都具有非空標簽。

值

類 "dist" 的對象。

例子

require(graphics)

d1 <- dist(USArrests)
hc <- hclust(d1, "ave")
d2 <- cophenetic(hc)
cor(d1, d2) # 0.7659

## Example from Sneath & Sokal, Fig. 5-29, p.279
d0 <- c(1,3.8,4.4,5.1, 4,4.2,5, 2.6,5.3, 5.4)
attributes(d0) <- list(Size = 5, diag = TRUE)
class(d0) <- "dist"
names(d0) <- letters[1:5]
d0
utils::str(upgma <- hclust(d0, method = "average"))
plot(upgma, hang = -1)
#
(d.coph <- cophenetic(upgma))
cor(d0, d.coph) # 0.9911

作者

Robert Gentleman

參考

Sneath, P.H.A. and Sokal, R.R. (1973) Numerical Taxonomy: The Principles and Practice of Numerical Classification, p. 278 ff; Freeman, San Francisco.

也可以看看

dist , hclust