R survfitcoxph.fit survfit.coxph“计算引擎”的直接接口

R语言 survfitcoxph.fit 位于 survival 包(package)。

该程序主要用于允许其他包在‘data’级别而不是‘user’级别调用survfit.coxph函数。它不对提供的输入数据进行检查，如果数据错误，可能会导致意外错误。

survfitcoxph.fit(y, x, wt, x2, risk, newrisk, strata, se.fit, survtype,
vartype, varmat, id, y2, strata2, unlist=TRUE)

`y`	Cox 模型中使用的响应变量。 (当然删除了缺失值。)
`x`	Cox 模型中使用的协变量矩阵
`wt`	Cox 模型的权重向量。如果模型未加权，则使用 1 的向量。
`x2`	说明需要曲线的假设主题的矩阵。列数必须与 `x` 相同。
`risk`	来自拟合 Cox 模型的风险评分 exp(X beta)。如果模型有偏移，请将其包含在 exp 的参数中。
`newrisk`	假设受试者的风险评分
`strata`	Cox 模型中使用的层变量。这将是一个因子。
`se.fit`	如果 `TRUE` 返回曲线的标准误差
`survtype`	1=Kalbfleisch-Prentice，2=Nelson-Aalen，3=埃夫隆。通常将此与 `coxph` 模型中使用的关系近似值相匹配：‘exact’ 为 KP，‘breslow’ 为 N-A，‘efron’ 为 Efron。
`vartype`	1=格林伍德、2=阿伦、3=埃夫隆
`varmat`	系数的方差矩阵
`id`	可选的;如果存在且不为 NULL，则这应该是长度为 `nrow(x2)` 的标识符向量。 mon-null 值表示 `x2` 包含时间相关协变量，在这种情况下，它标识 `x2` 的哪些行与每个主题相关。
`y2`	生存时间，用于时间相关的预测。它给出了 `x2` 每行的时间范围 (time1,time2]。注意：这必须是 Surv 对象，因此包含一个状态指示器，但在例程中从未使用过。
`strata2`	`x2` 的分层指标向量。这一定是一个因子。
`unlist`	如果`FALSE`，结果将是一个列表，每一层都有一个元素。否则，各层将以“unpacked” 的形式呈现在`survfit` 对象中。

包含 survfit 对象的几乎所有组件的列表。所缺少的只是添加置信区间、原始模型响应的类型(如在 coxph 对象中)和类。

该函数和 survfit.coxph 的源代码都是使用 noweb 编写的。有关完整文档，请参阅inst/sourcecode.pdf 文件。

Terry Therneau

相关用法

注：本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 A direct interface to the ‘computational engine’ of survfit.coxph。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。