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R Variogram.gls 计算 gls 对象残差的半变异函数


R语言 Variogram.gls 位于 nlme 包(package)。

说明

此方法函数根据 gls 拟合计算残差的半变异函数。如果存在分组因子,则计算同一组水平内的残差对的半变异函数值。如果 collapse"none" 不同,则使用 Cressie (1993) 中定义的稳健估计器 (robust = TRUE ) 或相同距离间隔内的值的平均值来折叠各个半变异函数值。半变异函数对于误差项相关结构建模非常有用。

用法

## S3 method for class 'gls'
Variogram(object, distance, form, resType, data,
      na.action, maxDist, length.out, collapse, nint, breaks,
      robust, metric, ...)

参数

object

继承自类 "gls" 的对象,表示广义最小二乘拟合模型。

distance

一个可选的数值向量,其中包含残差对之间的距离。如果存在分组变量,则仅应给出同一组内残差对之间的距离。如果缺失,则根据参数 formdatametric 的值计算距离,除非 object 包含 corSpatial 元素,在这种情况下,关联的协变量(通过使用getCovariate 方法)。

form

一个可选的单边公式,指定用于计算残差对之间的距离的协变量,以及可选的用于对残差进行分区的分组因子(必须出现在 form 中的 | 运算符的右侧) )。默认值为 ~1 ,表示使用组内的观察顺序来获取距离。

resType

一个可选字符串,指定要使用的残差类型。如果 "response" ,则使用 "raw" 残差(观察到的拟合值);否则,如果 "pearson" ,则使用标准化残差(原始残差除以相应的标准误差);否则,如果 "normalized" ,则使用归一化残差(标准化残差预乘以估计误差相关矩阵的逆平方根因子)。使用参数的部分匹配,因此只需提供第一个字符。默认为 "pearson"

data

一个可选数据帧,用于解释 form 中的变量。默认情况下,使用与 object 相同的数据。

na.action

一个函数,指示当数据包含 NA 时应该发生什么。如果存在任何不完整的观察结果,默认操作 ( na.fail ) 会导致打印错误消息并终止函数。

maxDist

用于计算两个残差之间的半变异函数的最大距离的可选数值。默认情况下,包括所有残差对。

length.out

一个可选的整数值。当object 包含corSpatial 元素时,将计算其半变异函数值,并将该参数用作相应Variogram 方法的length.out 参数。默认为 50

collapse

一个可选字符串,指定要应用于各个半变异函数值的折叠类型。如果等于 "quantiles" ,则半变异函数值根据距离分布的分位数进行分割,每组的观测值数量相同,距离间隔长度可能不同。否则,如果 "fixed" ,则根据相等长度的距离间隔划分半变异函数值,每个间隔可能有不同数量的观测值。否则,如果 "none" ,则不使用折叠并返回各个半变异函数值。默认为 "quantiles"

nint

一个可选整数,表示折叠半变异函数值时要使用的间隔数。默认为 20

robust

一个可选的逻辑值,指定在折叠各个值时是否应使用稳健的半变异函数估计量。如果TRUE使用鲁棒估计器。默认为 FALSE

breaks

一个可选的数值向量,其中包含用于折叠半变异函数值的距离间隔的断点。如果不丢失,则忽略 collapse 中指定的选项。

metric

指定要使用的距离度量的可选字符串。当前可用的选项是"euclidean",用于距离的平方和; "maximum"为最大差值; "manhattan" 为绝对差之和。使用参数的部分匹配,因此只需提供前三个字符。默认为 "euclidean"

...

该泛型的某些方法需要额外的参数。此方法中没有使用任何内容。

DataFrame ,其中 variogdist 列分别表示半变异函数值和相应的距离。如果半变异函数值折叠,则返回的 DataFrame 中将包含一个额外的列 n.pairs ,其中包含每个半变异函数计算中使用的残差对的数量。如果 object 包含 corSpatial 元素,则返回值中将包含一个数据帧及其相应的半变异函数,作为属性 "modelVariog" 。返回值继承自类 Variogram

例子

fm1 <- gls(weight ~ Time * Diet, BodyWeight)
Vm1 <- Variogram(fm1, form = ~ Time | Rat)
print(head(Vm1), digits = 3)

作者

José Pinheiro and Douglas Bates bates@stat.wisc.edu

参考

Cressie, N.A.C. (1993), "Statistics for Spatial Data", J. Wiley & Sons.

也可以看看

gls , Variogram , Variogram.default , Variogram.lme , plot.Variogram

相关用法


注:本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 Calculate Semi-variogram for Residuals from a gls Object。非经特殊声明,原始代码版权归原作者所有,本译文未经允许或授权,请勿转载或复制。