R corSymm 一般相关结构

说明

该函数是corSymm类的构造函数，代表一般的相关结构。该结构的内部表示，就无约束参数而言，使用 Pinheiro 和 Bates (1996) 中定义的球形参数化。使用此构造函数创建的对象稍后必须使用适当的 Initialize 方法进行初始化。

用法

corSymm(value, form, fixed)

参数

value	带有参数值的可选向量。默认值为 numeric(0) ，这会导致在初始化 object 时将适当维度的零向量分配给参数(对应于身份相关结构)。
form	~ t 或 ~ t | g 形式的单边公式，指定时间协变量 t 和可选的分组因子 g 。此相关结构的协变量必须是整数值。当 form 中存在分组因子时，假定相关结构仅适用于同一分组级别内的观测值；假设具有不同分组级别的观测值是不相关的。默认为 ~ 1 ，这对应于使用数据中的观察顺序作为协变量，并且没有组。
fixed	一个可选的逻辑值，指示是否应允许系数在优化中变化，或保持固定在其初始值。默认为 FALSE ，在这种情况下允许系数变化。

值

代表一般相关结构的类 corSymm 的对象。

例子

## covariate is observation order and grouping factor is Subject
cs1 <- corSymm(form = ~ 1 | Subject)

# Pinheiro and Bates, p. 225 
cs1CompSymm <- corCompSymm(value = 0.3, form = ~ 1 | Subject)
cs1CompSymm <- Initialize(cs1CompSymm, data = Orthodont)
corMatrix(cs1CompSymm)

# Pinheiro and Bates, p. 226
cs1Symm <- corSymm(value =
        c(0.2, 0.1, -0.1, 0, 0.2, 0),
                   form = ~ 1 | Subject)
cs1Symm <- Initialize(cs1Symm, data = Orthodont)
corMatrix(cs1Symm)

# example gls(..., corSpher ...)
# Pinheiro and Bates, pp. 261, 263
fm1Wheat2 <- gls(yield ~ variety - 1, Wheat2)
# p. 262 
fm2Wheat2 <- update(fm1Wheat2, corr =
   corSpher(c(28, 0.2),
     form = ~ latitude + longitude, nugget = TRUE))

# example gls(..., corSymm ... )
# Pinheiro and Bates, p. 251
fm1Orth.gls <- gls(distance ~ Sex * I(age - 11), Orthodont,
                   correlation = corSymm(form = ~ 1 | Subject),
                   weights = varIdent(form = ~ 1 | age))

作者

José Pinheiro and Douglas Bates bates@stat.wisc.edu

参考

Pinheiro, J.C. and Bates., D.M. (1996) "Unconstrained Parametrizations for Variance-Covariance Matrices", Statistics and Computing, 6, 289-296.

Pinheiro, J.C., and Bates, D.M. (2000) "Mixed-Effects Models in S and S-PLUS", Springer.

也可以看看

Initialize.corSymm、summary.corSymm