R pdTens 实现张量积平滑的 pdMat 类的函数

说明

这组函数实现了 nlme 库 pdMat 类，以允许由 lme 估计张量积平滑，如 gamm 所调用。张量积平滑具有由惩罚矩阵的加权和组成的惩罚矩阵，其中权重是平滑参数。在混合模型公式中，罚矩阵是项随机效应的协方差矩阵的逆矩阵，平滑参数(乘以一半)是要估计的方差参数。不可能转换问题以使所需的随机效应协方差矩阵看起来像标准 pdMat 类之一：因此需要 pdTens 类。 notLog2 参数化可确保参数为正。

这些函数( pdTens 、 pdConstruct.pdTens 、 pdFactor.pdTens 、 pdMatrix.pdTens 、 coef.pdTens 和 summary.pdTens )通常不会直接调用。

用法

pdTens(value = numeric(0), form = NULL, 
       nam = NULL, data = sys.frame(sys.parent()))

参数

value	参数的初始化值。通常不使用。
form	指定随机效应结构的片面公式。该公式应具有属性 S，它是惩罚矩阵的列表，其加权和给出了这些随机效应的协方差矩阵的逆。
nam	名称参数，通常不与此类一起使用。
data	用于评估公式的 DataFrame 。

细节

如果直接使用此类，请注意，值得将 S 矩阵缩放为“中等大小”，例如将每个矩阵除以其最大奇异值：这可以避免 lme 默认值的问题(smooth.construct.tensor.smooth.spec 这样做自动地)。

这似乎是实现新的 pdMat 类所需的最小函数集。

请注意，虽然 pdFactor 和 pdMatrix 函数返回缩放随机效应协方差矩阵或其因子的逆矩阵，但 pdConstruct 函数有时使用缩放协方差矩阵的估计值进行初始化，有时使用其逆矩阵进行初始化。

值

类 pdTens 对象，或其系数或它表示的矩阵或该矩阵的因子。 pdFactor 以向量形式返回因子(按列压缩)(pdMatrix 始终返回矩阵)。

例子

# see gamm

作者

Simon N. Wood simon.wood@r-project.org

参考

Pinheiro J.C. and Bates, D.M. (2000) Mixed effects Models in S and S-PLUS. Springer

The nlme source code.

https://www.maths.ed.ac.uk/~swood34/

也可以看看

te gamm