R bacteria 药物治疗后细菌的存在

说明

对澳大利亚北领地患有中耳炎的儿童进行的流感嗜血杆菌细菌检测。

用法

bacteria

格式

该 DataFrame 有 220 行和以下列：

y

存在或不存在：级别为 n 和 y 的因子。

美联社

活性/安慰剂：具有 a 和 p 水平的因子。

希洛

高/低合规性：具有 hi 和 lo 级别的因子。

星期

数字：测试周。

ID

主题 ID：一个因子。

特尔特

具有级别 placebo 、 drug 和 drug+ 的因子，ap 和 hilo 的重新编码。

细节

A. Leach 博士对澳大利亚北领地 50 名有中耳炎病史的儿童测试了一种药物的效果。这些孩子被随机分配服用药物或安慰剂，并接受积极鼓励以遵守服用药物的规定。

在第 0、2、4、6 和 11 周检查了流感嗜血杆菌的存在：其中 30 项检查缺失，未包含在此 DataFrame 中。

例子

contrasts(bacteria$trt) <- structure(contr.sdif(3),
     dimnames = list(NULL, c("drug", "encourage")))
## fixed effects analyses
## IGNORE_RDIFF_BEGIN
summary(glm(y ~ trt * week, binomial, data = bacteria))
summary(glm(y ~ trt + week, binomial, data = bacteria))
summary(glm(y ~ trt + I(week > 2), binomial, data = bacteria))
## IGNORE_RDIFF_END

# conditional random-effects analysis
library(survival)
bacteria$Time <- rep(1, nrow(bacteria))
coxph(Surv(Time, unclass(y)) ~ week + strata(ID),
      data = bacteria, method = "exact")
coxph(Surv(Time, unclass(y)) ~ factor(week) + strata(ID),
      data = bacteria, method = "exact")
coxph(Surv(Time, unclass(y)) ~ I(week > 2) + strata(ID),
      data = bacteria, method = "exact")

# PQL glmm analysis
library(nlme)
## IGNORE_RDIFF_BEGIN
summary(glmmPQL(y ~ trt + I(week > 2), random = ~ 1 | ID,
                family = binomial, data = bacteria))
## IGNORE_RDIFF_END

来源

阿曼达·利奇博士通过詹姆斯·麦克布鲁姆先生。

参考

Menzies School of Health Research 1999-2000 Annual Report. p.20. https://www.menzies.edu.au/icms_docs/172302_2000_Annual_report.pdf.

Venables, W. N. and Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth edition. Springer.