本文整理汇总了Python中sklearn.decomposition.PCA.head方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python PCA.head方法的具体用法？Python PCA.head怎么用？Python PCA.head使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类sklearn.decomposition.PCA的用法示例。
在下文中一共展示了PCA.head方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: read_csv
# 需要导入模块: from sklearn.decomposition import PCA [as 别名]
# 或者: from sklearn.decomposition.PCA import head [as 别名]
from sklearn.manifold.t_sne import TSNE
from pandas import DataFrame, Series, read_csv
from sklearn.decomposition import FactorAnalysis
# -- Imports
# Metabolomics
metabolomics_cinfo = read_csv('%s/data/kirc_metabolomics_columns.txt' % wd, sep='\t', header=None, index_col=0).T.groupby('MATCHING INDEX').first()
metabolomics = read_csv('%s/data/kirc_metabolomics_de_normalised.txt' % wd, sep='\t', index_col=0).replace(np.nan, 0)
# -- Factor analysis
n_components = 3
# Metabolomics
metabolomics_hfac = PCA(n_components=n_components).fit_transform(metabolomics.T)
metabolomics_hfac = DataFrame(metabolomics_hfac, columns=['Factor%d' % (i + 1) for i in range(n_components)], index=metabolomics.columns)
metabolomics_hfac['type'] = [metabolomics_cinfo.ix[i, 'PATHSTAGET 1'][:2] if len(metabolomics_cinfo.ix[i, 'PATHSTAGET 1']) == 3 else metabolomics_cinfo.ix[i, 'PATHSTAGET 1'] for i in metabolomics_hfac.index]
print metabolomics_hfac.head()
# -- Plot
pal = dict(zip(*(['T1', 'T2', 'T3', 'T4'], ['#3498db', '#95a5a6', '#e74c3c', '#34495e'])))
sns.set(style='ticks', context='paper', rc={'axes.linewidth': .3, 'xtick.major.width': .3, 'ytick.major.width': .3})
sns.pairplot(metabolomics_hfac, hue='type', palette=pal, diag_kind='kde')
plt.gcf().set_size_inches(5, 5)
plt.savefig('%s/reports/metabolomics_factor_analysis_subtypes_pairplot.pdf' % wd, bbox_inches='tight')
plt.close('all')
print '[INFO] Corr plotted!'