本文整理汇总了Python中Bio.MarkovModel._viterbi方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python MarkovModel._viterbi方法的具体用法？Python MarkovModel._viterbi怎么用？Python MarkovModel._viterbi使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Bio.MarkovModel的用法示例。
在下文中一共展示了MarkovModel._viterbi方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_viterbi
# 需要导入模块: from Bio import MarkovModel [as 别名]
# 或者: from Bio.MarkovModel import _viterbi [as 别名]
def test_viterbi(self):
states = ["CP", "IP"]
outputs = [2, 1, 0]
lp_initial = log([1.0, 0.0000001])
lp_transition = log([[0.7, 0.3], [0.5, 0.5]])
lp_emission = log([[0.6, 0.1, 0.3], [0.1, 0.7, 0.2]])
output1 = [0, 1, 0]
output2 = -3.968593356916541
viterbi_output = MarkovModel._viterbi(
len(states), lp_initial, lp_transition,
lp_emission, outputs)
self.assertEqual(len(viterbi_output[0][0]), 3)
self.assertEqual(viterbi_output[0][0][0], output1[0])
self.assertEqual(viterbi_output[0][0][1], output1[1])
self.assertEqual(viterbi_output[0][0][2], output1[2])
self.assertEqual(
float('%.3f' % viterbi_output[0][1]),
float('%.3f' % output2))