R rhDNase rhDNA酶数据集

说明

rhDNase 治疗囊性纤维化的随机试验结果。

用法

rhDNase
data(rhDNase, package="survival")

格式

包含以下 8 个变量的 767 个观察值的 DataFrame 。

id

主题 ID

inst

招生机构

trt

治疗组：0=安慰剂，1=rhDNase

entry.dt

进入研究日期

end.dt

最后一次随访日期

fev

入组时用力呼气量，肺活量的衡量标准

ivstart

从入组到开始静脉注射抗生素的天数

ivstop

从入组到停止静脉注射抗生素的天数

细节

在囊性纤维化患者中，白细胞释放细胞外 DNA，这些白细胞因慢性细菌感染而积聚在气道中。多余的 DNA 会使粘液变稠，纤毛无法将其从肺部清除。累积会导致呼吸道症状恶化和肺函数逐渐恶化。在这项研究进行时，超过 90% 的囊性纤维化患者最终死于肺部疾病。

脱氧核糖核酸酶 I (DNase I) 是一种人类酶，通常存在于人类肺部粘液中，可消化细胞外 DNA。 Genentech, Inc. 克隆了一种高度纯化的重组 DNase I(rhDNase 或 Pulmozyme)，当以雾化形式输送到肺部时，它会切割细胞外 DNA，降低气道分泌物的粘弹性并提高清除率。 1992 年，该公司进行了一项随机 double-blind 试验，比较 rhDNase 与安慰剂。然后监测患者的肺部病情恶化以及肺容量和流量的测量。主要终点是第一次肺部症状加重的时间；然而，所有病情恶化的数据均收集了 169 天。

病情加重的定义是需要使用静脉注射 (IV) 抗生素的感染。受试者在试验期间发生过 0-5 次此类事件，超过 1 次的受试者在数据集中具有多行，没有发生的受试者的 IV 开始和结束时间不适用。少数受试者在入组时已被感染，例如受试者 173 的首次感染间隔为 -21 到 7。我们不将此首次感染算作"event"，受试者在第 7 天首次进入风险设置. 发生过事件的受试者在抗生素治疗期间以及结束后的额外 6 天内不被认为有发生另一事件的风险。 (如果症状在停止后立即再次出现，那么从医学角度来看，这不会是新的感染。)

该数据集再现了 Therneau 和 Grambsch 中的数据，但由于数据集更新，它并没有完全再现 Therneau 和 Hamilton 中的数据。

例子

# Build the start-stop data set for analysis, and
#  replicate line 2 of table 8.13 in the book
first <- subset(rhDNase, !duplicated(id)) #first row for each subject
dnase <- tmerge(first, first, id=id, tstop=as.numeric(end.dt -entry.dt))

# Subjects whose fu ended during the 6 day window are the reason for
#  this next line
temp.end <- with(rhDNase, pmin(ivstop+6, end.dt-entry.dt))
dnase <- tmerge(dnase, rhDNase, id=id,
                       infect=event(ivstart),
                       end=  event(temp.end))
# toss out the non-at-risk intervals, and extra variables
#  3 subjects had an event on their last day of fu, infect=1 and end=1
dnase <- subset(dnase, (infect==1 | end==0), c(id:trt, fev:infect))
agfit <- coxph(Surv(tstart, tstop, infect) ~ trt + fev, cluster=id,
                 data=dnase)

参考

T. M. Therneau and P. M. Grambsch, Modeling Survival Data: Extending the Cox Model, Springer, 2000.

T. M. Therneau and S.A. Hamilton, rhDNase as an example of recurrent event analysis, Statistics in Medicine, 16:2029-2047, 1997.