R rhDNase rhDNA酶數據集

說明

rhDNase 治療囊性纖維化的隨機試驗結果。

用法

rhDNase
data(rhDNase, package="survival")

格式

包含以下 8 個變量的 767 個觀察值的 DataFrame 。

id

主題 ID

inst

招生機構

trt

治療組：0=安慰劑，1=rhDNase

entry.dt

進入研究日期

end.dt

最後一次隨訪日期

fev

入組時用力呼氣量，肺活量的衡量標準

ivstart

從入組到開始靜脈注射抗生素的天數

ivstop

從入組到停止靜脈注射抗生素的天數

細節

在囊性纖維化患者中，白細胞釋放細胞外 DNA，這些白細胞因慢性細菌感染而積聚在氣道中。多餘的 DNA 會使粘液變稠，纖毛無法將其從肺部清除。累積會導致呼吸道症狀惡化和肺函數逐漸惡化。在這項研究進行時，超過 90% 的囊性纖維化患者最終死於肺部疾病。

脫氧核糖核酸酶 I (DNase I) 是一種人類酶，通常存在於人類肺部粘液中，可消化細胞外 DNA。 Genentech, Inc. 克隆了一種高度純化的重組 DNase I(rhDNase 或 Pulmozyme)，當以霧化形式輸送到肺部時，它會切割細胞外 DNA，降低氣道分泌物的粘彈性並提高清除率。 1992 年，該公司進行了一項隨機 double-blind 試驗，比較 rhDNase 與安慰劑。然後監測患者的肺部病情惡化以及肺容量和流量的測量。主要終點是第一次肺部症狀加重的時間；然而，所有病情惡化的數據均收集了 169 天。

病情加重的定義是需要使用靜脈注射 (IV) 抗生素的感染。受試者在試驗期間發生過 0-5 次此類事件，超過 1 次的受試者在數據集中具有多行，沒有發生的受試者的 IV 開始和結束時間不適用。少數受試者在入組時已被感染，例如受試者 173 的首次感染間隔為 -21 到 7。我們不將此首次感染算作"event"，受試者在第 7 天首次進入風險設置. 發生過事件的受試者在抗生素治療期間以及結束後的額外 6 天內不被認為有發生另一事件的風險。 (如果症狀在停止後立即再次出現，那麽從醫學角度來看，這不會是新的感染。)

該數據集再現了 Therneau 和 Grambsch 中的數據，但由於數據集更新，它並沒有完全再現 Therneau 和 Hamilton 中的數據。

例子

# Build the start-stop data set for analysis, and
#  replicate line 2 of table 8.13 in the book
first <- subset(rhDNase, !duplicated(id)) #first row for each subject
dnase <- tmerge(first, first, id=id, tstop=as.numeric(end.dt -entry.dt))

# Subjects whose fu ended during the 6 day window are the reason for
#  this next line
temp.end <- with(rhDNase, pmin(ivstop+6, end.dt-entry.dt))
dnase <- tmerge(dnase, rhDNase, id=id,
                       infect=event(ivstart),
                       end=  event(temp.end))
# toss out the non-at-risk intervals, and extra variables
#  3 subjects had an event on their last day of fu, infect=1 and end=1
dnase <- subset(dnase, (infect==1 | end==0), c(id:trt, fev:infect))
agfit <- coxph(Surv(tstart, tstop, infect) ~ trt + fev, cluster=id,
                 data=dnase)

參考

T. M. Therneau and P. M. Grambsch, Modeling Survival Data: Extending the Cox Model, Springer, 2000.

T. M. Therneau and S.A. Hamilton, rhDNase as an example of recurrent event analysis, Statistics in Medicine, 16:2029-2047, 1997.