R plot.survfit survfit 對象的繪圖方法

R語言 plot.survfit 位於 survival 包(package)。

說明

生成生存曲線圖，每個層一條曲線。 log=T 選項做了額外的工作來避免 log(0)，並嘗試創建令人滿意的結果。如果存在零點，則默認將其繪製在曲線上最小非零值的 0.8 倍處。

曲線的繪製順序與 print 列出的順序相同(給出每條曲線的 1 行摘要)。這將是 col 、 lty 等的使用順序。

用法

## S3 method for class 'survfit'
plot(x, conf.int=, mark.time=FALSE, 
 pch=3, col=1, lty=1, lwd=1, cex=1, log=FALSE, xscale=1, yscale=1,  
 xlim, ylim, xmax, fun, 
 xlab="", ylab="", xaxs="r",  conf.times, conf.cap=.005,
 conf.offset=.012,
 conf.type = c("log", "log-log", "plain", "logit", "arcsin"),
 mark, noplot="(s0)", cumhaz=FALSE,
 firstx, ymin, ...)

參數

`x`	類 `survfit` 的對象，通常由 `survfit` 函數返回。
`conf.int`	確定是否繪製逐點置信區間。默認情況下，如果隻有 1 條曲線(即沒有層)，使用 95% 置信區間，則執行此操作。或者，這可以是給出所需置信水平的數值。
`mark.time`	控製曲線的標簽。如果設置為 `FALSE` ，則不進行任何標記。如果 `TRUE` ，則在每個審查時間標記曲線。如果`mark` 是數值向量，則在指定時間點標記曲線。
`pch`	將用於標記曲線的字符向量。 `points` 幫助文件包含可能標記的示例。單個字符串(例如 "abcd")被視為向量 `c("a", "b", "c", "d")` 。如果向量比曲行數短，則循環重用該向量。如果存在，則意味著 `mark.time = TRUE` 。
`col`	指定每條曲線顏色的整數向量。默認值為 1。
`lty`	指定每條曲線線型的整數向量。默認值為 1。
`lwd`	線寬數值向量。默認值為 1。
`cex`	指定標記大小的數值。這不被視為向量；所有標記都具有相同的大小。
`log`	一個邏輯值，如果為 TRUE，則 y 軸將采用對數刻度。或者，可以將標準字符串"x"、"y"或"xy"之一賦予特定的對數水平和/或垂直軸。
`xscale`	類似於 `yscale` 的數值，用於 x 軸上的標簽。值 365.25 將提供以年為單位的標簽，而不是原始天數。
`yscale`	用於與 y 軸上的標簽相乘的數值。例如，值 100 將用於給出百分比比例。僅更改標簽，而不更改實際繪圖坐標，因此添加帶有“ `lines(surv.exp(...))` ”的曲線將像沒有 `yscale` 參數一樣執行。
`xlim` , `ylim`	繪圖區域的可選限製。
`xmax`	最大水平繪圖坐標。這可以用來縮小繪圖的範圍。它在繪製曲線之前會縮短曲線，因此與使用 `xlim` 圖形參數不同，不會生成有關越界點的警告消息。
`fun`	定義生存(或狀態概率，或累積風險)曲線變換的任意函數。例如，`fun=log` 是繪製 log-survival 曲線的另一種方法(但軸標有 log(S) 值)，而 `fun=sqrt` 將生成平方根刻度的曲線。可以使用字符參數指定四種常用的轉換：`"S"` 給出通常的生存曲線，`"log"` 與使用 `log=T` 選項相同，`"event"` 或 `"F"` 繪製經驗 CDF `F(t)= 1-S(t)` (f(y) = 1-y)，`"cloglog"` 創建一個互補的 log-log 生存圖(f(y) = log(-log(y)) 以及 x 軸的對數刻度)。術語 `"identity"` 和 `"surv"` 允許作為 `type="S"` 的同義詞。參數 `"cumhaz"` 導致繪製累積風險函數。
`xlab`	給 x 軸的標簽。
`ylab`	給 y 軸的標簽。
`xaxs`	`"S"` 用於生存曲線或標準 x 軸樣式，如 `par` 中列出的； "r"(常規)是 R 默認值。曆史上顯示的生存曲線是曲線接觸 y 軸，但不接觸其他 3 邊繪圖的邊界框，類型 `"S"` 通過操作繪圖範圍然後在內部使用 `"i"` 樣式來實現此目的。然而，"S" 風格正變得越來越不常見。
`conf.times`	在曲線上放置置信條的可選時間向量。如果存在，將使用它們代替置信帶。
`conf.cap`	置信條頂部水平帽的寬度；僅當使用 conf.times 時才使用。值 1 是繪圖區域的寬度。
`conf.offset`	當繪圖上有多條曲線時，置信條的偏移量。值 1 是繪圖區域的寬度。如果這是單個數字，則每條曲線的條形都會與前一條曲線的條形偏移此量，如果它是向量，則直接使用值。
`conf.type`	`"plain"` 、 `"log"` (默認)、`"log-log"` 或 `"logit"` 之一。隻需要足夠的字符串來唯一標識它即可。第一個選項會導致不生成置信區間。第二個導致標準間隔 `curve +- k *se(curve)` ，其中 k 由 `conf.int` 確定。對數選項根據累積危險或對數(生存)計算間隔。 log-log 選項將間隔基於日誌風險或 log(-log(survival))，而 logit 選項基於 log(survival/(1-survival))。
`mark`	`pch` 的曆史別名
`noplot`	對於多狀態模型，不會繪製帶有此標簽的曲線。 (另請參閱 `survcheck` 中的 `istate0` 參數。)
`cumhaz`	繪製累積風險而不是狀態或生存的概率。 (可選)這可以是一個數值向量，指定要繪製 `cumhaz` 組件的哪些列。
`ymin`	這通常作為 `ylim` 參數的一部分給出
`firstx`	這通常作為 `xlim` 參數的一部分給出。
`...`	將傳遞給底層繪圖方法的其他參數，例如 xlab 或 ylab。

細節

如果對象包含累積危險曲線，則 fun='cumhaz' 將繪製該曲線，否則它將繪製 -log(S) 作為近似值。理論上，S = \exp(-\Lambda)，其中 S 是生存率，\Lambda 是累積風險。僅在特殊情況下，相同的關係才適用於 S 和 \Lambda 的估計，但近似值通常很接近。

當 survfit 函數創建多狀態生存曲線時，生成的對象也具有類 ‘survfitms’。競爭風險曲線是一種常見情況。在這種情況下，fun 參數將被忽略。

使用 conf.times 參數時，置信條會偏移 conf.offset 單位以避免重疊。每條曲線上的條形是繪製條形的時間點的置信區間，即每條曲線的不同時間點。如果曲線在該點很陡峭，則 conf.offset 的正值和負值的視覺效果有時可能會大不相同。

值

包含組件 x 和 y 的列表，包含每條曲線上最後一個點的坐標(但不包含置信限)。這對於標記可能有用。

注意

在之前的版本中，xscale 和 yscale 的行為有所不同：第一個更改了繪圖和所有後續操作(例如添加圖例)的比例，而 yscale 僅影響軸標簽。這在版本 2-36.4 中已標準化，這兩個參數現在僅影響標簽。

在大約 2.36 之前的版本中，survfit 對象不包含累積危險作為單獨的結果，並且使用 fun="cumhaz" 將繪製累積危險的近似值 -log(surv)。當累積危險添加到對象時，繪圖函數的 cumhaz=TRUE 參數被添加。在版本 2.3-8 中， fun="cumhaz" 的使用成為 cumhaz=TRUE 的同義詞。

例子

leukemia.surv <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) 
plot(leukemia.surv, lty = 2:3) 
legend(100, .9, c("Maintenance", "No Maintenance"), lty = 2:3) 
title("Kaplan-Meier Curves\nfor AML Maintenance Study") 
lsurv2 <- survfit(Surv(time, status) ~ x, aml, type='fleming') 
plot(lsurv2, lty=2:3, fun="cumhaz", 
    xlab="Months", ylab="Cumulative Hazard")

也可以看看

points.survfit、lines.survfit、par、survfit

相關用法

注：本文由純淨天空篩選整理自R-devel大神的英文原創作品 Plot method for survfit objects。非經特殊聲明，原始代碼版權歸原作者所有，本譯文未經允許或授權，請勿轉載或複製。