R plot.survfit survfit 对象的绘图方法

R语言 plot.survfit 位于 survival 包(package)。

说明

生成生存曲线图，每个层一条曲线。 log=T 选项做了额外的工作来避免 log(0)，并尝试创建令人满意的结果。如果存在零点，则默认将其绘制在曲线上最小非零值的 0.8 倍处。

曲线的绘制顺序与 print 列出的顺序相同(给出每条曲线的 1 行摘要)。这将是 col 、 lty 等的使用顺序。

用法

## S3 method for class 'survfit'
plot(x, conf.int=, mark.time=FALSE, 
 pch=3, col=1, lty=1, lwd=1, cex=1, log=FALSE, xscale=1, yscale=1,  
 xlim, ylim, xmax, fun, 
 xlab="", ylab="", xaxs="r",  conf.times, conf.cap=.005,
 conf.offset=.012,
 conf.type = c("log", "log-log", "plain", "logit", "arcsin"),
 mark, noplot="(s0)", cumhaz=FALSE,
 firstx, ymin, ...)

参数

`x`	类 `survfit` 的对象，通常由 `survfit` 函数返回。
`conf.int`	确定是否绘制逐点置信区间。默认情况下，如果只有 1 条曲线(即没有层)，使用 95% 置信区间，则执行此操作。或者，这可以是给出所需置信水平的数值。
`mark.time`	控制曲线的标签。如果设置为 `FALSE` ，则不进行任何标记。如果 `TRUE` ，则在每个审查时间标记曲线。如果`mark` 是数值向量，则在指定时间点标记曲线。
`pch`	将用于标记曲线的字符向量。 `points` 帮助文件包含可能标记的示例。单个字符串(例如 "abcd")被视为向量 `c("a", "b", "c", "d")` 。如果向量比曲行数短，则循环重用该向量。如果存在，则意味着 `mark.time = TRUE` 。
`col`	指定每条曲线颜色的整数向量。默认值为 1。
`lty`	指定每条曲线线型的整数向量。默认值为 1。
`lwd`	线宽数值向量。默认值为 1。
`cex`	指定标记大小的数值。这不被视为向量；所有标记都具有相同的大小。
`log`	一个逻辑值，如果为 TRUE，则 y 轴将采用对数刻度。或者，可以将标准字符串"x"、"y"或"xy"之一赋予特定的对数水平和/或垂直轴。
`xscale`	类似于 `yscale` 的数值，用于 x 轴上的标签。值 365.25 将提供以年为单位的标签，而不是原始天数。
`yscale`	用于与 y 轴上的标签相乘的数值。例如，值 100 将用于给出百分比比例。仅更改标签，而不更改实际绘图坐标，因此添加带有“ `lines(surv.exp(...))` ”的曲线将像没有 `yscale` 参数一样执行。
`xlim` , `ylim`	绘图区域的可选限制。
`xmax`	最大水平绘图坐标。这可以用来缩小绘图的范围。它在绘制曲线之前会缩短曲线，因此与使用 `xlim` 图形参数不同，不会生成有关越界点的警告消息。
`fun`	定义生存(或状态概率，或累积风险)曲线变换的任意函数。例如，`fun=log` 是绘制 log-survival 曲线的另一种方法(但轴标有 log(S) 值)，而 `fun=sqrt` 将生成平方根刻度的曲线。可以使用字符参数指定四种常用的转换：`"S"` 给出通常的生存曲线，`"log"` 与使用 `log=T` 选项相同，`"event"` 或 `"F"` 绘制经验 CDF `F(t)= 1-S(t)` (f(y) = 1-y)，`"cloglog"` 创建一个互补的 log-log 生存图(f(y) = log(-log(y)) 以及 x 轴的对数刻度)。术语 `"identity"` 和 `"surv"` 允许作为 `type="S"` 的同义词。参数 `"cumhaz"` 导致绘制累积风险函数。
`xlab`	给 x 轴的标签。
`ylab`	给 y 轴的标签。
`xaxs`	`"S"` 用于生存曲线或标准 x 轴样式，如 `par` 中列出的； "r"(常规)是 R 默认值。历史上显示的生存曲线是曲线接触 y 轴，但不接触其他 3 边绘图的边界框，类型 `"S"` 通过操作绘图范围然后在内部使用 `"i"` 样式来实现此目的。然而，"S" 风格正变得越来越不常见。
`conf.times`	在曲线上放置置信条的可选时间向量。如果存在，将使用它们代替置信带。
`conf.cap`	置信条顶部水平帽的宽度；仅当使用 conf.times 时才使用。值 1 是绘图区域的宽度。
`conf.offset`	当绘图上有多条曲线时，置信条的偏移量。值 1 是绘图区域的宽度。如果这是单个数字，则每条曲线的条形都会与前一条曲线的条形偏移此量，如果它是向量，则直接使用值。
`conf.type`	`"plain"` 、 `"log"` (默认)、`"log-log"` 或 `"logit"` 之一。只需要足够的字符串来唯一标识它即可。第一个选项会导致不生成置信区间。第二个导致标准间隔 `curve +- k *se(curve)` ，其中 k 由 `conf.int` 确定。对数选项根据累积危险或对数(生存)计算间隔。 log-log 选项将间隔基于日志风险或 log(-log(survival))，而 logit 选项基于 log(survival/(1-survival))。
`mark`	`pch` 的历史别名
`noplot`	对于多状态模型，不会绘制带有此标签的曲线。 (另请参阅 `survcheck` 中的 `istate0` 参数。)
`cumhaz`	绘制累积风险而不是状态或生存的概率。 (可选)这可以是一个数值向量，指定要绘制 `cumhaz` 组件的哪些列。
`ymin`	这通常作为 `ylim` 参数的一部分给出
`firstx`	这通常作为 `xlim` 参数的一部分给出。
`...`	将传递给底层绘图方法的其他参数，例如 xlab 或 ylab。

细节

如果对象包含累积危险曲线，则 fun='cumhaz' 将绘制该曲线，否则它将绘制 -log(S) 作为近似值。理论上，S = \exp(-\Lambda)，其中 S 是生存率，\Lambda 是累积风险。仅在特殊情况下，相同的关系才适用于 S 和 \Lambda 的估计，但近似值通常很接近。

当 survfit 函数创建多状态生存曲线时，生成的对象也具有类 ‘survfitms’。竞争风险曲线是一种常见情况。在这种情况下，fun 参数将被忽略。

使用 conf.times 参数时，置信条会偏移 conf.offset 单位以避免重叠。每条曲线上的条形是绘制条形的时间点的置信区间，即每条曲线的不同时间点。如果曲线在该点很陡峭，则 conf.offset 的正值和负值的视觉效果有时可能会大不相同。

值

包含组件 x 和 y 的列表，包含每条曲线上最后一个点的坐标(但不包含置信限)。这对于标记可能有用。

注意

在之前的版本中，xscale 和 yscale 的行为有所不同：第一个更改了绘图和所有后续操作(例如添加图例)的比例，而 yscale 仅影响轴标签。这在版本 2-36.4 中已标准化，这两个参数现在仅影响标签。

在大约 2.36 之前的版本中，survfit 对象不包含累积危险作为单独的结果，并且使用 fun="cumhaz" 将绘制累积危险的近似值 -log(surv)。当累积危险添加到对象时，绘图函数的 cumhaz=TRUE 参数被添加。在版本 2.3-8 中， fun="cumhaz" 的使用成为 cumhaz=TRUE 的同义词。

例子

leukemia.surv <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) 
plot(leukemia.surv, lty = 2:3) 
legend(100, .9, c("Maintenance", "No Maintenance"), lty = 2:3) 
title("Kaplan-Meier Curves\nfor AML Maintenance Study") 
lsurv2 <- survfit(Surv(time, status) ~ x, aml, type='fleming') 
plot(lsurv2, lty=2:3, fun="cumhaz", 
	xlab="Months", ylab="Cumulative Hazard")

也可以看看

points.survfit、lines.survfit、par、survfit

相关用法

注：本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 Plot method for survfit objects。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。