R lines.survfit 将线或点添加到生存图

说明

通常用于将预期生存曲线添加到使用 plot.survfit 生成的 Kaplan-Meier 图中。

用法

## S3 method for class 'survfit'
lines(x, type="s", pch=3, col=1, lty=1,
        lwd=1, cex=1, mark.time=FALSE, xmax,
        fun, conf.int=FALSE,
        conf.times, conf.cap=.005, conf.offset=.012,
        conf.type = c("log", "log-log", "plain", "logit", "arcsin"),
        mark, noplot="(s0)", cumhaz= FALSE,  ...)
## S3 method for class 'survexp'
lines(x, type="l", ...)
## S3 method for class 'survfit'
points(x, fun, censor=FALSE, col=1, pch,
        noplot="(s0)", cumhaz=FALSE, ...)

参数

x	从 survfit 或 survexp 函数生成的生存对象。
type	线路类型，如 lines 中所述。对于 survfit 对象，默认值为阶跃函数；对于 survexp 对象，默认值为连接线。 lines.survexp 的所有其他参数与 lines.survfit 的参数相同。
col , lty , lwd , cex	给出添加曲线的标记符号、颜色、线型、线宽和字符大小的向量。此组中只有颜色适用于 points 。
pch	以 matplot 的风格绘制点的字符，即，第一个字符将用于第一条曲线等的单个字符串；或字符或整数向量，每条曲线一个元素。
mark	pch 的历史别名
censor	是否应该显示 points 函数的审查时间？
mark.time	控制曲线的标签。如果 FALSE ，则不进行任何标记。如果 TRUE ，则在每个审查时间标记曲线。如果mark.time 是数值向量，则在指定时间点标记曲线。
xmax	曲线右侧的可选截断。
fun	定义生存曲线变换的任意函数。例如，fun=log 是绘制 log-survival 曲线的另一种方法(但轴标有 log(S) 值)。可以使用字符参数指定四种常用的转换："log" 与使用 log=T 选项相同，"event" 绘制累积事件 (f(y) = 1-y)，"cumhaz" 绘制累积事件危险函数 (f(y) = -log(y)) 和 "cloglog" 创建一个免费的 log-log 生存图 (f(y) = log(-log(y))) 以及 x 轴的对数刻度。
conf.int	如果 TRUE ，还会绘制曲线的置信带。如果设置为 "only" ，则仅绘制 CI 带，并且曲线本身将被保留。这对于精细控制绘图的颜色或线型非常有用。一个数值，例如conf.int = .90 ，可用于
conf.times	在曲线上放置置信条的可选时间向量。如果存在，将使用它们代替置信带。
conf.cap	置信条顶部水平帽的宽度；仅当使用 conf.times 时才使用。值 1 是绘图区域的宽度。
conf.offset	当绘图上有多条曲线时，置信条的偏移量。值 1 是绘图区域的宽度。如果这是单个数字，则每条曲线的条形都会与前一条曲线的条形偏移此量，如果它是向量，则直接使用值。
conf.type	"plain" 、 "log" (默认)、 "log-log" 、 "logit" 或 "none" 之一。只需要足够的字符串来唯一标识它即可。第一个选项会导致不生成置信区间。第二个导致标准间隔 curve +- k *se(curve) ，其中 k 由 conf.int 确定。对数选项根据累积危险或对数(生存)计算间隔。 log-log 选项将间隔基于日志风险或 log(-log(survival))，而 logit 选项基于 log(survival/(1-survival))。
noplot	对于多状态模型，不会绘制带有此标签的曲线。默认值对应于未指定的状态。
cumhaz	绘制累积风险，而不是状态中的生存或概率。
...	其他图形参数

细节

当 survfit 函数创建多状态生存曲线时，生成的对象具有类 ‘survfitms’。图中唯一的区别是，它默认为从左下到右上(从 0 开始)的曲线，而生存曲线默认为从 1 开始并向下。所有其他选项都是相同的。

如果用户在之前的 plot.survfit 调用中设置了明确的范围，例如通过 xlim 或 xmax ，对该函数的后续调用会记住右手截止。该内存可以通过 options(plot.survfit) <- NULL 擦除。

值

包含组件 x 和 y 的列表，包含每条曲线上最后一个点的坐标(但不包含置信限)。这对于标记可能有用。

副作用

一条或多条曲线将添加到当前绘图中。

例子

fit <- survfit(Surv(time, status==2) ~ sex, pbc,subset=1:312)
plot(fit, mark.time=FALSE, xscale=365.25,
        xlab='Years', ylab='Survival')
lines(fit[1], lwd=2)    #darken the first curve and add marks


# Add expected survival curves for the two groups,
#   based on the US census data
# The data set does not have entry date, use the midpoint of the study
efit <- survexp(~sex, data=pbc, times= (0:24)*182, ratetable=survexp.us, 
                 rmap=list(sex=sex, age=age*365.35, year=as.Date('1979/01/01')))
temp <- lines(efit, lty=2, lwd=2:1)
text(temp, c("Male", "Female"), adj= -.1) #labels just past the ends
title(main="Primary Biliary Cirrhosis, Observed and Expected")

也可以看看

lines、par、plot.survfit、survfit、survexp。