R lines.survfit 將線或點添加到生存圖

說明

通常用於將預期生存曲線添加到使用 plot.survfit 生成的 Kaplan-Meier 圖中。

用法

## S3 method for class 'survfit'
lines(x, type="s", pch=3, col=1, lty=1,
        lwd=1, cex=1, mark.time=FALSE, xmax,
        fun, conf.int=FALSE,
        conf.times, conf.cap=.005, conf.offset=.012,
        conf.type = c("log", "log-log", "plain", "logit", "arcsin"),
        mark, noplot="(s0)", cumhaz= FALSE,  ...)
## S3 method for class 'survexp'
lines(x, type="l", ...)
## S3 method for class 'survfit'
points(x, fun, censor=FALSE, col=1, pch,
        noplot="(s0)", cumhaz=FALSE, ...)

參數

x	從 survfit 或 survexp 函數生成的生存對象。
type	線路類型，如 lines 中所述。對於 survfit 對象，默認值為階躍函數；對於 survexp 對象，默認值為連接線。 lines.survexp 的所有其他參數與 lines.survfit 的參數相同。
col , lty , lwd , cex	給出添加曲線的標記符號、顏色、線型、線寬和字符大小的向量。此組中隻有顏色適用於 points 。
pch	以 matplot 的風格繪製點的字符，即，第一個字符將用於第一條曲線等的單個字符串；或字符或整數向量，每條曲線一個元素。
mark	pch 的曆史別名
censor	是否應該顯示 points 函數的審查時間？
mark.time	控製曲線的標簽。如果 FALSE ，則不進行任何標記。如果 TRUE ，則在每個審查時間標記曲線。如果mark.time 是數值向量，則在指定時間點標記曲線。
xmax	曲線右側的可選截斷。
fun	定義生存曲線變換的任意函數。例如，fun=log 是繪製 log-survival 曲線的另一種方法(但軸標有 log(S) 值)。可以使用字符參數指定四種常用的轉換："log" 與使用 log=T 選項相同，"event" 繪製累積事件 (f(y) = 1-y)，"cumhaz" 繪製累積事件危險函數 (f(y) = -log(y)) 和 "cloglog" 創建一個免費的 log-log 生存圖 (f(y) = log(-log(y))) 以及 x 軸的對數刻度。
conf.int	如果 TRUE ，還會繪製曲線的置信帶。如果設置為 "only" ，則僅繪製 CI 帶，並且曲線本身將被保留。這對於精細控製繪圖的顏色或線型非常有用。一個數值，例如conf.int = .90 ，可用於
conf.times	在曲線上放置置信條的可選時間向量。如果存在，將使用它們代替置信帶。
conf.cap	置信條頂部水平帽的寬度；僅當使用 conf.times 時才使用。值 1 是繪圖區域的寬度。
conf.offset	當繪圖上有多條曲線時，置信條的偏移量。值 1 是繪圖區域的寬度。如果這是單個數字，則每條曲線的條形都會與前一條曲線的條形偏移此量，如果它是向量，則直接使用值。
conf.type	"plain" 、 "log" (默認)、 "log-log" 、 "logit" 或 "none" 之一。隻需要足夠的字符串來唯一標識它即可。第一個選項會導致不生成置信區間。第二個導致標準間隔 curve +- k *se(curve) ，其中 k 由 conf.int 確定。對數選項根據累積危險或對數(生存)計算間隔。 log-log 選項將間隔基於日誌風險或 log(-log(survival))，而 logit 選項基於 log(survival/(1-survival))。
noplot	對於多狀態模型，不會繪製帶有此標簽的曲線。默認值對應於未指定的狀態。
cumhaz	繪製累積風險，而不是狀態中的生存或概率。
...	其他圖形參數

細節

當 survfit 函數創建多狀態生存曲線時，生成的對象具有類 ‘survfitms’。圖中唯一的區別是，它默認為從左下到右上(從 0 開始)的曲線，而生存曲線默認為從 1 開始並向下。所有其他選項都是相同的。

如果用戶在之前的 plot.survfit 調用中設置了明確的範圍，例如通過 xlim 或 xmax ，對該函數的後續調用會記住右手截止。該內存可以通過 options(plot.survfit) <- NULL 擦除。

值

包含組件 x 和 y 的列表，包含每條曲線上最後一個點的坐標(但不包含置信限)。這對於標記可能有用。

副作用

一條或多條曲線將添加到當前繪圖中。

例子

fit <- survfit(Surv(time, status==2) ~ sex, pbc,subset=1:312)
plot(fit, mark.time=FALSE, xscale=365.25,
        xlab='Years', ylab='Survival')
lines(fit[1], lwd=2)    #darken the first curve and add marks


# Add expected survival curves for the two groups,
#   based on the US census data
# The data set does not have entry date, use the midpoint of the study
efit <- survexp(~sex, data=pbc, times= (0:24)*182, ratetable=survexp.us, 
                 rmap=list(sex=sex, age=age*365.35, year=as.Date('1979/01/01')))
temp <- lines(efit, lty=2, lwd=2:1)
text(temp, c("Male", "Female"), adj= -.1) #labels just past the ends
title(main="Primary Biliary Cirrhosis, Observed and Expected")

也可以看看

lines、par、plot.survfit、survfit、survexp。