R pbcseq 梅奥诊所原发性胆汁性肝硬化，序贯数据

说明

该数据是 PBC 数据集的延续，包含每位研究患者的后续实验室数据。基于数据的分析可以在 Murtagh 等人中找到。等人。

主要 PBC 数据集仅包含实验室参数的基线测量值。该数据集包含多个实验室结果，但仅针对 312 名随机患者。该文件中的一些基行数据值与原始 PBC 文件不同，例如原始分析后发现的凝血酶原时间和年龄的数据错误(参见 Fleming 和 Harrington，图 4.6.7)。

其中"feature" 数据值得特别评论。死亡或肝移植前的最后一次观察通常比其他数据行有更多缺失的协变量。这些患者的原始临床方案指定在 6 个月、1 年以及此后每年进行一次随访。在这些协议访问中，获得了大量预先指定的测试的实验室值。 "Extra" 访视通常是因为医疗状况恶化而进行，并不一定需要完成所有这些实验室工作。因此，缺失值具有潜在的信息值。

用法

pbcseq
data(pbc, package="survival")

格式

ID：	案件编号
年龄：	多年
性别：	男/女
trt：	D-penicillmain 为 1/2/NA，安慰剂，未随机
时间：	登记与较早死亡之间的天数，
	移植，或1986年7月的研究分析
地位：	终点状态，0/1/2 表示已审查、移植、死亡
天：	注册与本次访问日期之间的天数
	以下所有测量均指该日期
白蛋白：	血清白蛋白(毫克/分升)
碱磷：	碱性磷酸酶(U/升)
腹水：	存在腹水
AST：	天冬氨酸转氨酶，曾称为 SGOT (U/ml)
比利：	血清胆红素(毫克/分升)
胆：	血清胆固醇(毫克/分升)
铜：	尿铜(微克/天)
浮肿：	0 无水肿，0.5 未治疗或成功治疗
	1 尽管利尿治疗仍出现水肿
肝：	存在肝肿大或肝脏肿大
血小板：	血小板计数
普罗泰姆：	标准凝血时间
蜘蛛：	皮肤血管畸形
阶段：	疾病的组织学阶段(需要活检)
三角函数：	甘油三酯(毫克/分升)

例子

# Create the start-stop-event triplet needed for coxph
first <- with(pbcseq, c(TRUE, diff(id) !=0)) #first id for each subject
last  <- c(first[-1], TRUE)  #last id

time1 <- with(pbcseq, ifelse(first, 0, day))
time2 <- with(pbcseq, ifelse(last,  futime, c(day[-1], 0)))
event <- with(pbcseq, ifelse(last,  status, 0))

fit1 <- coxph(Surv(time1, time2, event) ~ age + sex + log(bili), pbcseq)

来源

T Therneau 和 P Grambsch，“生存数据建模：扩展 Cox 模型”，Springer-Verlag，纽约，2000 年。ISBN：0-387-98784-3。

参考

Murtaugh PA. Dickson ER. Van Dam GM. Malinchoc M. Grambsch PM. Langworthy AL. Gips CH. "Primary biliary cirrhosis: prediction of short-term survival based on repeated patient visits." Hepatology. 20(1.1):126-34, 1994.

Fleming T and Harrington D., "Counting Processes and Survival Analysis", Wiley, New York, 1991.

也可以看看

pbc