R pbcseq 梅奧診所原發性膽汁性肝硬化，序貫數據

說明

該數據是 PBC 數據集的延續，包含每位研究患者的後續實驗室數據。基於數據的分析可以在 Murtagh 等人中找到。等人。

主要 PBC 數據集僅包含實驗室參數的基線測量值。該數據集包含多個實驗室結果，但僅針對 312 名隨機患者。該文件中的一些基行數據值與原始 PBC 文件不同，例如原始分析後發現的凝血酶原時間和年齡的數據錯誤(參見 Fleming 和 Harrington，圖 4.6.7)。

其中"feature" 數據值得特別評論。死亡或肝移植前的最後一次觀察通常比其他數據行有更多缺失的協變量。這些患者的原始臨床方案指定在 6 個月、1 年以及此後每年進行一次隨訪。在這些協議訪問中，獲得了大量預先指定的測試的實驗室值。 "Extra" 訪視通常是因為醫療狀況惡化而進行，並不一定需要完成所有這些實驗室工作。因此，缺失值具有潛在的信息值。

用法

pbcseq
data(pbc, package="survival")

格式

ID：	案件編號
年齡：	多年
性別：	男/女
trt：	D-penicillmain 為 1/2/NA，安慰劑，未隨機
時間：	登記與較早死亡之間的天數，
	移植，或1986年7月的研究分析
地位：	終點狀態，0/1/2 表示已審查、移植、死亡
天：	注冊與本次訪問日期之間的天數
	以下所有測量均指該日期
白蛋白：	血清白蛋白(毫克/分升)
堿磷：	堿性磷酸酶(U/升)
腹水：	存在腹水
AST：	天冬氨酸轉氨酶，曾稱為 SGOT (U/ml)
比利：	血清膽紅素(毫克/分升)
膽：	血清膽固醇(毫克/分升)
銅：	尿銅(微克/天)
浮腫：	0 無水腫，0.5 未治療或成功治療
	1 盡管利尿治療仍出現水腫
肝：	存在肝腫大或肝髒腫大
血小板：	血小板計數
普羅泰姆：	標準凝血時間
蜘蛛：	皮膚血管畸形
階段：	疾病的組織學階段(需要活檢)
三角函數：	甘油三酯(毫克/分升)

例子

# Create the start-stop-event triplet needed for coxph
first <- with(pbcseq, c(TRUE, diff(id) !=0)) #first id for each subject
last  <- c(first[-1], TRUE)  #last id

time1 <- with(pbcseq, ifelse(first, 0, day))
time2 <- with(pbcseq, ifelse(last,  futime, c(day[-1], 0)))
event <- with(pbcseq, ifelse(last,  status, 0))

fit1 <- coxph(Surv(time1, time2, event) ~ age + sex + log(bili), pbcseq)

來源

T Therneau 和 P Grambsch，“生存數據建模：擴展 Cox 模型”，Springer-Verlag，紐約，2000 年。ISBN：0-387-98784-3。

參考

Murtaugh PA. Dickson ER. Van Dam GM. Malinchoc M. Grambsch PM. Langworthy AL. Gips CH. "Primary biliary cirrhosis: prediction of short-term survival based on repeated patient visits." Hepatology. 20(1.1):126-34, 1994.

Fleming T and Harrington D., "Counting Processes and Survival Analysis", Wiley, New York, 1991.

也可以看看

pbc