R ranef.lme 提取 lme 随机效应

R语言 ranef.lme 位于 nlme 包(package)。

说明

i 级别的估计随机效应表示为一个数据帧，其中行由该级别的不同组给出，列由随机效应给出。如果指定了单层分组，则返回的对象是 DataFrame ；否则，返回的对象是此类数据帧的列表。可选地，返回的数据帧可以用在组上总结的协变量来扩充。

用法

## S3 method for class 'lme'
ranef(object, augFrame, level, data, which, FUN,
      standard, omitGroupingFactor, subset, ...)

参数

`object`	继承自类 `"lme"` 的对象，表示拟合的线性混合效果模型。
`augFrame`	可选的逻辑值。如果是 `TRUE` ，则返回的数据帧将使用 `data` 中定义的变量进行扩充；否则，如果 `FALSE` ，则仅返回系数。默认为 `FALSE` 。
`level`	一个可选的正整数向量，给出用于从具有多个嵌套分组级别的对象中提取随机效应的分组级别。默认为所有级别的分组。
`data`	可选数据帧，其中包含用于在 `augFrame = TRUE` 时扩充返回的数据帧的变量。默认为用于适合 `object` 的 DataFrame 。
`which`	一个可选的正整数向量，指定 `data` 的哪些列应用于返回数据帧的增强。默认为 `data` 中的所有列。
`FUN`	当按组折叠 `data` 时，应用于 group-varying 变量的可选汇总函数或汇总函数列表。 Group-invariant 变量始终按它们在该组中假定的唯一值进行汇总。如果 `FUN` 是单个函数，它将按组应用于每个非不变变量以生成该变量的摘要。如果 `FUN` 是函数列表，则列表中的名称应指定框架中的变量类，例如 `ordered` 、 `factor` 或 `numeric` 。指示的函数将应用于该类的任何group-varying变量。要使用的默认函数是 `mean` (用于数字因子)和 `Mode` (用于 `factor` 和 `ordered` )。 `Mode` 函数在 `gsummary` 内部定义，返回变量的模态值或最常用值。它与返回变量的S-language模式的`mode`函数不同。
`standard`	一个可选的逻辑值，指示估计的随机效应是否应为"standardized"(即除以该组随机效应的标准差估计值)。默认为 `FALSE` 。
`omitGroupingFactor`	可选的逻辑值。当 `TRUE` 时，分组因子本身将从 `data` 的分组摘要中省略，但分组因子的级别将继续用作返回数据帧的行名称。默认为 `FALSE` 。
`subset`	一个可选表达式，指示应为哪些行提取随机效应。
`...`	该泛型的某些方法需要额外的参数。此方法中没有使用任何内容。

值

DataFrame 或 DataFrame 列表，具有 level 中指定的分组级别的估计随机效应，以及(可选)按组汇总的其他协变量。返回的对象继承自类 random.effects.lme 和 data.frame 。

例子

fm1 <- lme(distance ~ age, Orthodont, random = ~ age | Subject)
ranef(fm1)
random.effects(fm1)             # same as above
random.effects(fm1, augFrame = TRUE)

作者

José Pinheiro and Douglas Bates bates@stat.wisc.edu

参考

Pinheiro, J.C., and Bates, D.M. (2000) "Mixed-Effects Models in S and S-PLUS", Springer, esp. pp. 100, 461.

也可以看看

coef.lme、gsummary、lme、plot.ranef.lme、random.effects

相关用法

注：本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 Extract lme Random Effects。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。