R plot.ranef.lme 绘制 ranef.lme 对象

说明

线性混合效应模型的随机效应图(包 lattice 中的类 "Trellis" )，即 ranef(lme(*)) 的结果(类 "ranef.lme" )。

用法

## S3 method for class 'ranef.lme'
plot(x, form = NULL, omitFixed = TRUE, level = Q,
     grid = TRUE, control, xlab, ylab, strip,
     ...)

参数

x	继承自类 "ranef.lme" 的对象，表示生成该对象的 lme 对象的估计系数或估计随机效应。
form	指定所需绘图类型的可选公式。 如果作为单方面公式给出，则返回根据 form 中命名的因子水平的所有组合分组的估计随机效应(系数)的dotplot()。 如果作为双边公式给出(或默认情况下为 NULL )，则返回随机效应(系数)与指定协变量的 xyplot() 网格显示。在NULL 情况下，使用随机效应(系数)的行名称(作为协变量)。 另请参阅“详细信息：”。
omitFixed	一个可选的逻辑值，指示是否应省略具有跨组值不变的列。默认为 TRUE 。
level	一个可选的整数值，给出用于 x 的分组级别。仅当 x 是每个分组级别具有不同组件的列表时使用。默认为最高或最内层的分组。
grid	一个可选的逻辑值，指示是否应将网格添加到绘图中。仅适用于与 form 中的双边公式关联的绘图。默认为 TRUE 。
control	当 form 作为双边公式给出时，包含绘图控制值的可选列表。控制值通过 control 列表中的名称引用，并且只需指定要从默认值进行修改的值。可用值包括： drawLine ，一个逻辑值，指示是否应将 loess 平滑器添加到散点图，以及是否应将连接中位数的线添加到箱线图(默认为 TRUE )； span.loess ，用作 panel.loess 调用中的 span 参数(默认为 2/3 )； degree.loess ，用作 panel.loess 调用中的 degree 参数(默认为 1 )； cex.axis ，x 轴的字符扩展因子(默认为 0.8 )； srt.axis ，x 轴的旋转因子(默认为 0 )；和 mgp.axis ，x 轴的边距参数(默认为 c(2, 0.5, 0) )。
xlab , ylab	轴标签，每个标签都有一个合理的默认值。
strip	function 或 FALSE ，请参阅包 lattice 中的 dotplot() 。
...	传递给 Trellis dotplot 函数的可选参数。

细节

如果 form 丢失，或者作为单方面公式给出，则会生成随机效果的格子 dot-plot(通过 pkg lattice 中的 dotplot() )，每个随机效果都有一个不同的面板(系数)。 dot-plot 中的行由 form 参数(如果不丢失)或随机效应(系数)的行名称确定。允许单因子 (~g) 或交叉因子 (~g1*g2)。对于单个因子，其水平决定dot-plot行(每行可能有多个点)；否则，如果 form 指定因子交叉，则 dot-plot 行由公式中各个因子水平的所有组合确定。

如果 form 是双边公式，则左侧必须是单个随机效应(系数)，右侧由 x 中的协变量形成，并用 + 分隔。生成 xyplot() 网格显示，并为 form 右侧列出的每个变量提供不同的面板。为数值变量生成散点图，为分类( factor 或 ordered )变量生成箱线图。

值

估计的random-effects(系数)与协变量或组的网格图。

例子

fm1 <- lme(distance ~ age, Orthodont, random = ~ age | Subject)
plot(ranef(fm1))
fm1RE <- ranef(fm1, aug = TRUE)
plot(fm1RE, form = ~ Sex)
plot(fm1RE, form = age ~ Sex) # "connected" boxplots

作者

José Pinheiro and Douglas Bates bates@stat.wisc.edu

也可以看看

ranef.lme、lme、dotplot。