Python SciPy hierarchy.single用法及代码示例

本文简要介绍 python 语言中 scipy.cluster.hierarchy.single 的用法。

用法:

scipy.cluster.hierarchy.single(y)#

对压缩距离矩阵 y 执行单/最小/最近链接。

参数 ：：

y： ndarray

距离矩阵的上三角。 pdist 的结果以这种形式返回。

返回 ：：

Z： ndarray

联动矩阵。

例子：

>>> from scipy.cluster.hierarchy import single, fcluster
>>> from scipy.spatial.distance import pdist

首先，我们需要一个玩具数据集来玩：

x x    x x
x        x

x        x
x x    x x

>>> X = [[0, 0], [0, 1], [1, 0],
...      [0, 4], [0, 3], [1, 4],
...      [4, 0], [3, 0], [4, 1],
...      [4, 4], [3, 4], [4, 3]]

然后，我们从这个数据集中得到一个压缩的距离矩阵：

>>> y = pdist(X)

最后，我们可以执行聚类：

>>> Z = single(y)
>>> Z
array([[ 0.,  1.,  1.,  2.],
       [ 2., 12.,  1.,  3.],
       [ 3.,  4.,  1.,  2.],
       [ 5., 14.,  1.,  3.],
       [ 6.,  7.,  1.,  2.],
       [ 8., 16.,  1.,  3.],
       [ 9., 10.,  1.,  2.],
       [11., 18.,  1.,  3.],
       [13., 15.,  2.,  6.],
       [17., 20.,  2.,  9.],
       [19., 21.,  2., 12.]])

链接矩阵Z 表示树状图 - 有关其内容的详细说明，请参阅 scipy.cluster.hierarchy.linkage 。

我们可以使用 scipy.cluster.hierarchy.fcluster 来查看给定距离阈值的每个初始点属于哪个集群：

>>> fcluster(Z, 0.9, criterion='distance')
array([ 7,  8,  9, 10, 11, 12,  4,  5,  6,  1,  2,  3], dtype=int32)
>>> fcluster(Z, 1, criterion='distance')
array([3, 3, 3, 4, 4, 4, 2, 2, 2, 1, 1, 1], dtype=int32)
>>> fcluster(Z, 2, criterion='distance')
array([1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1], dtype=int32)

此外， scipy.cluster.hierarchy.dendrogram 可用于生成树状图。