Python SciPy hierarchy.from_mlab_linkage用法及代码示例

本文简要介绍 python 语言中 scipy.cluster.hierarchy.from_mlab_linkage 的用法。

用法:

scipy.cluster.hierarchy.from_mlab_linkage(Z)#

将 MATLAB(TM) 生成的链接矩阵转换为与该模块兼容的新链接矩阵。

转换做了两件事：

• the indices are converted from 1..N to 0..(N-1) form, and

• a fourth column Z[:,3] is added where Z[i,3] represents the number of original observations (leaves) in the non-singleton cluster i.

当从 MATLAB 生成的旧数据文件加载链接时，此函数很有用。

参数 ：：

Z： ndarray

由 MATLAB(TM) 生成的链接矩阵。

返回 ：：

ZS： ndarray

与 scipy.cluster.hierarchy 兼容的链接矩阵。

例子：

>>> import numpy as np
>>> from scipy.cluster.hierarchy import ward, from_mlab_linkage

给定 MATLAB 格式 mZ 的链接矩阵，我们可以使用 scipy.cluster.hierarchy.from_mlab_linkage 将其导入为 SciPy 格式：

>>> mZ = np.array([[1, 2, 1], [4, 5, 1], [7, 8, 1],
...                [10, 11, 1], [3, 13, 1.29099445],
...                [6, 14, 1.29099445],
...                [9, 15, 1.29099445],
...                [12, 16, 1.29099445],
...                [17, 18, 5.77350269],
...                [19, 20, 5.77350269],
...                [21, 22,  8.16496581]])

>>> Z = from_mlab_linkage(mZ)
>>> Z
array([[  0.        ,   1.        ,   1.        ,   2.        ],
       [  3.        ,   4.        ,   1.        ,   2.        ],
       [  6.        ,   7.        ,   1.        ,   2.        ],
       [  9.        ,  10.        ,   1.        ,   2.        ],
       [  2.        ,  12.        ,   1.29099445,   3.        ],
       [  5.        ,  13.        ,   1.29099445,   3.        ],
       [  8.        ,  14.        ,   1.29099445,   3.        ],
       [ 11.        ,  15.        ,   1.29099445,   3.        ],
       [ 16.        ,  17.        ,   5.77350269,   6.        ],
       [ 18.        ,  19.        ,   5.77350269,   6.        ],
       [ 20.        ,  21.        ,   8.16496581,  12.        ]])

正如预期的那样，返回的链接矩阵Z 包括一个额外的列，用于计算每个集群中原始样本的数量。此外，所有集群索引都减 1(MATLAB 格式使用 1 索引，而 SciPy 使用 0 索引)。