本文整理汇总了Python中biom.Table.to_dataframe方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Table.to_dataframe方法的具体用法？Python Table.to_dataframe怎么用？Python Table.to_dataframe使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类biom.Table的用法示例。
在下文中一共展示了Table.to_dataframe方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_biom_match
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import to_dataframe [as 别名]
def test_biom_match(self):
table = Table(
np.array([[0, 0, 1, 1],
[2, 3, 4, 4],
[5, 5, 3, 3]]).T,
['a', 'b', 'c', 'd'],
['s2', 's3', 's4'])
md = pd.DataFrame(
{
'x1': [1, 3, 2],
'x2': [1, 1, 0]
},
columns=['s1', 's2', 's3']
).T
exp_table = Table(
np.array(
[
[0, 0, 1, 1],
[2, 3, 4, 4]
]).T,
['a', 'b', 'c', 'd'],
['s2', 's3'])
exp_md = pd.DataFrame(
{
'x1': [3, 2],
'x2': [1, 0]
},
columns=['s2', 's3']
).T
res_table, res_md = match(table, md)
exp_df = pd.DataFrame(exp_table.to_dataframe())
res_df = pd.DataFrame(res_table.to_dataframe())
exp_df = exp_df.reindex_axis(sorted(exp_df.columns), axis=1)
res_df = res_df.reindex_axis(sorted(res_df.columns), axis=1)
pdt.assert_frame_equal(exp_df, res_df)
exp_md = exp_md.reindex_axis(sorted(exp_md.index), axis=0)
res_md = res_md.reindex_axis(sorted(res_md.index), axis=0)
pdt.assert_frame_equal(res_md, exp_md)