本文整理汇总了Python中biom.Table.collapse方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Table.collapse方法的具体用法？Python Table.collapse怎么用？Python Table.collapse使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类biom.Table的用法示例。
在下文中一共展示了Table.collapse方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: group
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import collapse [as 别名]
def group(table: biom.Table, axis: str,
metadata: qiime2.CategoricalMetadataColumn, mode: str) -> biom.Table:
if table.is_empty():
raise ValueError("Cannot group an empty table.")
if axis == 'feature':
biom_axis = 'observation'
else:
biom_axis = axis
metadata = _munge_metadata_column(metadata, table.ids(axis=biom_axis),
axis)
grouped_table = table.collapse(
lambda axis_id, _: metadata.get_value(axis_id),
collapse_f=_mode_lookup[mode],
axis=biom_axis,
norm=False,
include_collapsed_metadata=False)
# Reorder axis by first unique appearance of each group value in metadata
# (makes it stable for identity mappings and easier to test)
# TODO use CategoricalMetadataColumn API for retrieving categories/groups,
# when the API exists.
series = metadata.to_series()
return grouped_table.sort_order(series.unique(), axis=biom_axis)