本文整理汇总了Python中biom.Table.from_json方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Table.from_json方法的具体用法？Python Table.from_json怎么用？Python Table.from_json使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类biom.Table的用法示例。
在下文中一共展示了Table.from_json方法的3个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: setUp
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import from_json [as 别名]
def setUp(self):
self.table1 = Table.from_json(json.load(StringIO(table1)))
self.table2 = Table.from_json(json.load(StringIO(table2)))
self.table3 = Table.from_json(json.load(StringIO(table3)))
self.mock_result_table1 = pd.DataFrame.from_csv(StringIO(mock_result_table1))示例2: open
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import from_json [as 别名]
metavar = "filename",
help = "[REQUIRED] outfile name",
required = True)
options = parser.parse_args()
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# Import json formatted OTU #
#############################
import json
jsondata = open(options.biominputfile)
biom = json.load(jsondata)
jsondata.close()
from biom import Table
table = Table.from_json(biom)
print("")
print("Original OTU Table (without taxonomy)")
print("-------------------------------------")
print("")
print(table)
print("")
min_samplesize = int(min(table.sum(axis='sample')))
print("Subsampling to the smallest sample size: " + str(min_samplesize))
# Subsample
table_ss = table.subsample(min_samplesize)
# Output示例3: setUp
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import from_json [as 别名]
def setUp(self):
self.table1 = Table.from_json(json.load(StringIO(table1)))
self.table2 = Table.from_json(json.load(StringIO(table2)))