本文整理汇总了Python中biom.Table.norm方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Table.norm方法的具体用法？Python Table.norm怎么用？Python Table.norm使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类biom.Table的用法示例。
在下文中一共展示了Table.norm方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: collapse_full
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import norm [as 别名]
def collapse_full(_bt):
"""Collapses full biom table to median of each OTU
Parameters
----------
_bt : biom table
Table to collapse
Returns
-------
biom table
Collapsed biom table, one sample containing median of each OTU,
normalized.
"""
num_obs = len(_bt.ids(axis='observation'))
table = Table(np.array(
[np.median(v) for v in _bt.iter_data(axis='observation')]).reshape(
(num_obs, 1)),
_bt.ids(axis='observation'), ['average'],
observation_metadata=_bt.metadata(axis='observation'))
table.norm(inplace=True)
return table示例2: relative_frequency
# 需要导入模块: from biom import Table [as 别名]
# 或者: from biom.Table import norm [as 别名]
def relative_frequency(table: biom.Table, axis: str='sample') -> biom.Table:
""" Convert feature table in-place from frequencies to relative frequencies
"""
table.norm(axis=axis, inplace=True)
return table