本文整理汇总了Python中bcftbx.TabFile.computeColumn方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python TabFile.computeColumn方法的具体用法？Python TabFile.computeColumn怎么用？Python TabFile.computeColumn使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类bcftbx.TabFile的用法示例。
在下文中一共展示了TabFile.computeColumn方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_compute_and_overwrite_existing_column_integer_index
# 需要导入模块: from bcftbx import TabFile [as 别名]
# 或者: from bcftbx.TabFile import computeColumn [as 别名]
def test_compute_and_overwrite_existing_column_integer_index(self):
"""Compute new values for an existing column referenced using integer index
"""
tabfile = TabFile('test',self.fp,first_line_is_header=True)
# Check number of columns and header items
self.assertEqual(tabfile.nColumns(),4)
self.assertEqual(tabfile.header(),['chr','start','end','data'])
# Compute new values for data column
tabfile.computeColumn(3,lambda line: line['end'] - line['start'])
self.assertEqual(tabfile.nColumns(),4)
self.assertEqual(tabfile.header(),['chr','start','end','data'])
results = [233,323,4444]
for i in range(len(tabfile)):
self.assertEqual(tabfile[i]['data'],results[i])示例2: test_compute_midpoint
# 需要导入模块: from bcftbx import TabFile [as 别名]
# 或者: from bcftbx.TabFile import computeColumn [as 别名]
def test_compute_midpoint(self):
"""Compute the midpoint of the start and end columns
"""
tabfile = TabFile('test',self.fp,first_line_is_header=True)
# Check number of columns and header items
self.assertEqual(tabfile.nColumns(),4)
self.assertEqual(tabfile.header(),['chr','start','end','data'])
# Compute midpoint of start and end
tabfile.computeColumn('midpoint',lambda line: (line['end'] + line['start'])/2.0)
self.assertEqual(tabfile.nColumns(),5)
self.assertEqual(tabfile.header(),['chr','start','end','data','midpoint'])
results = [117.5,728.5,3456]
for i in range(len(tabfile)):
self.assertEqual(tabfile[i]['midpoint'],results[i])