当前位置: 首页>>代码示例>>Python>>正文


Python PDBModel.takeChains方法代码示例

本文整理汇总了Python中Biskit.PDBModel.takeChains方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python PDBModel.takeChains方法的具体用法?Python PDBModel.takeChains怎么用?Python PDBModel.takeChains使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Biskit.PDBModel的用法示例。


在下文中一共展示了PDBModel.takeChains方法的3个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: Test

# 需要导入模块: from Biskit import PDBModel [as 别名]
# 或者: from Biskit.PDBModel import takeChains [as 别名]
class Test(BT.BiskitTest):
    """Test class"""

    TAGS = [ BT.EXE, BT.LONG ]
    
    def test_bindingE( self ):
        """bindingEnergyDelphi test (Barnase:Barstar)"""
        self.com = T.load( T.testRoot() + '/com/ref.complex' )
        self.dG = DelphiBindingEnergy( self.com, log=self.log, scale=1.2,
                                       verbose=self.local )
        self.r = self.dG.run()

        self.assertAlmostEqual( self.r['dG_kt'], 21., 0 )

        if self.local:
            self.log.add(
                '\nFinal result: dG = %3.2f kcal/mol'%self.r['dG_kcal'])
            
    def test_errorcase1( self ):
        """bindinEnergyDelphi test (error case 01)"""
        self.m = PDBModel( T.testRoot() + '/delphi/case01.pdb' )
        rec = self.m.takeChains( [0,1] )
        lig = self.m.takeChains( [2] )
        self.com = Complex( rec, lig )
        
        self.dG = DelphiBindingEnergy( self.com, log = self.log, scale=0.5,
                                       verbose=self.local )
        self.r = self.dG.run()

        if self.local:
            self.log.add(
                '\nFinal result: dG = %3.2f kcal/mol'%self.r['dG_kcal'])
开发者ID:ostrokach,项目名称:biskit,代码行数:34,代码来源:delphiBindingEnergy.py

示例2: inputComplex

# 需要导入模块: from Biskit import PDBModel [as 别名]
# 或者: from Biskit.PDBModel import takeChains [as 别名]
def inputComplex( options ):
    if 'c' in options:
        return T.load( T.absfile( options['c'] ) )

    m = PDBModel( T.absfile( options['i'] ) )
    
    ## extract rec and lig chains
    rec_chains = T.toIntList( options['r'] )
    lig_chains = T.toIntList( options['l'] )

    rec = m.takeChains( rec_chains )
    lig = m.takeChains( lig_chains )

    ## create Protein complex
    com = Complex( rec, lig )
    return com
开发者ID:graik,项目名称:biskit,代码行数:18,代码来源:delphiBinding.py

示例3: _use

# 需要导入模块: from Biskit import PDBModel [as 别名]
# 或者: from Biskit.PDBModel import takeChains [as 别名]
        _use()

    options = cmdDict( {} )

    f1 = absfile( options['i1'] )
    f2 = absfile( options['i2'] )
    o1 = absfile( options['o1'] )
    o2 = absfile( options['o2'] )

    errWriteln("loading pdbs...")
    
    m1 = PDBModel( f1 )
    m2 = PDBModel( f2 )

    if options.has_key('c1'):
        m1 = m1.takeChains( toIntList( options['c1'] ) )

    if options.has_key('c2'):
        m2 = m2.takeChains( toIntList( options['c2'] ) )

    m1.removeRes( 'TIP3' )
    m2.removeRes( 'TIP3' )

    m1.sort()
    m2.sort()

    errWriteln("compare atoms of pdbs...")
    mask1, mask2 = m1.equalAtoms( m2 )

    errWriteln("removing %i atoms from %s" % (sum( logical_not( mask1 ) ), f1))
    m1.remove( logical_not( mask1 ) )
开发者ID:ostrokach,项目名称:biskit,代码行数:33,代码来源:castPdbs.py


注:本文中的Biskit.PDBModel.takeChains方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。