本文整理汇总了Python中Biskit.PDBModel.sourceFile方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python PDBModel.sourceFile方法的具体用法？Python PDBModel.sourceFile怎么用？Python PDBModel.sourceFile使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Biskit.PDBModel的用法示例。
在下文中一共展示了PDBModel.sourceFile方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: getSS
# 需要导入模块: from Biskit import PDBModel [as 别名]
# 或者: from Biskit.PDBModel import sourceFile [as 别名]
import Biskit.mathUtils as MU
def getSS( model, cutoff=4.0 ):
cys_mask = model.mask( lambda a: a['residue_name'] in ['CYS', 'CYX']\
and a['name'] == 'SG')
model = model.compress( cys_mask )
diff = MU.pairwiseDistances( model.xyz, model.xyz )
count = N.sum( N.sum( N.less( diff, cutoff ) ) ) - model.lenAtoms()
return count / 2
if __name__ == '__main__':
if len( sys.argv ) < 2:
print """Count number of SS bonds in protein.
Syntax: getSS.py |input1.pdb| |input_2.pdb| ..
"""
sys.exit(0)
for f in sys.argv[1:]:
m = PDBModel( f )
flushPrint( '%s : %2i\n' % (m.sourceFile(),getSS( m )) )