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Python PDBModel.clone方法代码示例

本文整理汇总了Python中Biskit.PDBModel.clone方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python PDBModel.clone方法的具体用法?Python PDBModel.clone怎么用?Python PDBModel.clone使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Biskit.PDBModel的用法示例。


在下文中一共展示了PDBModel.clone方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: Test

# 需要导入模块: from Biskit import PDBModel [as 别名]
# 或者: from Biskit.PDBModel import clone [as 别名]
class Test(BT.BiskitTest):
    """Test class"""

    def test_reduce( self ):
        """AtomCharger test"""
        if self.local: self.log.add('\nLoading PDB...')

        self.m1 = PDBModel( T.testRoot( 'lig/1A19_dry.model' ) )
        self.m2 = T.load( T.testRoot( 'com/ref.complex' ) )
        self.m2 = self.m2.model()

        if self.local: self.log.add('\nRunning Reduce...')
        self.x = Reduce( self.m1, debug=self.DEBUG, verbose=self.local,
                         log=self.log,
                         autocap=True )
        self.m1 = self.x.run()

        if self.local:
            self.log.add('\nReduce protein complex')
        self.x = Reduce( self.m2, debug=self.DEBUG, verbose=self.local,
                         log=self.log,
                         autocap=True )
        self.m2 = self.x.run()
        
        if self.local:
            self.log.add('\nSetup Residue Library\n')
        
        ac = AtomCharger(log=self.log, verbose=self.local)
        
        if self.local:
            self.log.add('match residues to Amber topology')
        
        ac.charge( self.m1 )
        ac.charge( self.m2 )

        self.assertAlmostEqual( N.sum(self.m1['partial_charge']), -6, 2 )
        self.assertAlmostEqual( N.sum(self.m2['partial_charge']), -4, 2 )
        self.assert_(N.all(self.m1['partial_charge'] != 0),'unmatched atoms 1')
        self.assert_(N.all(self.m2['partial_charge'] != 0),'unmatched atoms 2')

        if self.local:
            self.log.add('\nNow test handling of atom miss-matches:\n')
        
        self.m3 = PDBModel(self.m1.clone())
        self.m3.remove( [0,3,100,101,102,200] )
        ac.charge( self.m3 )
        
        self.assertAlmostEqual( N.sum(self.m3['partial_charge']),-8.21, 2)
开发者ID:ostrokach,项目名称:biskit,代码行数:50,代码来源:atomCharger.py


注:本文中的Biskit.PDBModel.clone方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。