R coxsurv.fit survfit.coxph“计算引擎”的直接接口

R语言 coxsurv.fit 位于 survival 包(package)。

说明

该程序主要用于允许其他包在‘data’级别而不是‘user’级别调用survfit.coxph函数。它不对提供的输入数据进行检查，如果数据错误，可能会导致意外错误。

用法

coxsurv.fit(ctype, stype, se.fit, varmat, cluster, 
            y, x, wt, risk, position, strata, oldid,
            y2, x2, risk2, strata2, id2, unlist=TRUE)

参数

`stype`	生存曲线计算：1=直接，2=exp(-累积风险)
`ctype`	累积危险计算：1=Breslow，2=Efron
`se.fit`	如果为 TRUE，则计算标准误差
`varmat`	系数的方差矩阵
`cluster`	控制稳健方差的向量
`y`	Cox 模型中使用的响应变量。 (当然删除了缺失值。)
`x`	Cox 模型中使用的协变量矩阵
`wt`	Cox 模型的权重向量。如果模型未加权，则使用 1 的向量。
`risk`	来自拟合 Cox 模型的风险评分 exp(X beta + offset)。
`position`	可选参数控制什么算作'censored'。例如，由于时间相关的协变量，受试者的开始时间和停止时间可能为 (1,5)(5,30)(30,100)。 5 次和 30 次不是 'real' 审查。位置为 1 表示真正开始，2 表示实际结束，3 表示两者，0 表示两者都不是。
`strata`	Cox 模型中使用的层变量。这将是一个因子。
`oldid`	原始数据中具有多行的受试者的标识符。
`y2` , `x2` , `risk2` , `strata2`	需要预测的假设受试者的变量
`id2`	可选的;如果存在且不为 NULL，则这应该是长度为 `nrow(x2)` 的标识符向量。非空值表示 `x2` 包含时间相关协变量，在这种情况下，它标识 `x2` 的哪些行与每个主题相关。
`unlist`	如果`FALSE`，结果将是一个列表，每一层都有一个元素。否则，各层将以“unpacked” 的形式呈现在`survfit` 对象中。

值

包含 survfit 对象的几乎所有组件的列表。所缺少的只是添加置信区间、原始模型响应的类型(如在 coxph 对象中)和类。

注意

该函数和 survfit.coxph 的源代码都是使用 noweb 编写的。有关完整文档，请参阅inst/sourcecode.pdf 文件。

作者

Terry Therneau

也可以看看

survfit.coxph

相关用法

注：本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 A direct interface to the ‘computational engine’ of survfit.coxph。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。