R语言
Puromycin
位于 datasets
包(package)。 说明
Puromycin
DataFrame 有 23 行和 3 列,显示涉及未处理细胞或用嘌呤霉素处理的细胞的酶促反应中反应速度与底物浓度的关系。
用法
Puromycin
格式
该 DataFrame 包含以下列:
conc
-
底物浓度 (ppm) 的数值向量
rate
-
瞬时反应速率的数值向量(计数/分钟/分钟)
state
-
具有级别
treated
untreated
的因子
细节
Treloar (1974) 获得了酶促反应速度的数据。测量反应中放射性产物每分钟的计数,作为底物浓度(百万分之一 (ppm))的函数,并根据这些计数计算反应的初始速率(或速度)(计数/分钟/分钟) 。该实验用嘌呤霉素处理过的酶进行一次,并用未经处理的酶进行一次。
例子
require(stats); require(graphics)
plot(rate ~ conc, data = Puromycin, las = 1,
xlab = "Substrate concentration (ppm)",
ylab = "Reaction velocity (counts/min/min)",
pch = as.integer(Puromycin$state),
col = as.integer(Puromycin$state),
main = "Puromycin data and fitted Michaelis-Menten curves")
## simplest form of fitting the Michaelis-Menten model to these data
fm1 <- nls(rate ~ Vm * conc/(K + conc), data = Puromycin,
subset = state == "treated",
start = c(Vm = 200, K = 0.05))
fm2 <- nls(rate ~ Vm * conc/(K + conc), data = Puromycin,
subset = state == "untreated",
start = c(Vm = 160, K = 0.05))
summary(fm1)
summary(fm2)
## add fitted lines to the plot
conc <- seq(0, 1.2, length.out = 101)
lines(conc, predict(fm1, list(conc = conc)), lty = 1, col = 1)
lines(conc, predict(fm2, list(conc = conc)), lty = 2, col = 2)
legend(0.8, 120, levels(Puromycin$state),
col = 1:2, lty = 1:2, pch = 1:2)
## using partial linearity
fm3 <- nls(rate ~ conc/(K + conc), data = Puromycin,
subset = state == "treated", start = c(K = 0.05),
algorithm = "plinear")
来源
贝茨,D.M.和瓦茨,D.G. (1988),非线性回归分析及其应用,Wiley,附录 A1.3。
Treloar, M. A. (1974),嘌呤霉素对高尔基膜半乳糖基转移酶的影响,理学硕士论文,多伦多大学。
也可以看看
SSmicmen
适用于适合此数据集的其他模型。
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注:本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 Reaction Velocity of an Enzymatic Reaction。非经特殊声明,原始代码版权归原作者所有,本译文未经允许或授权,请勿转载或复制。