R plantTraits 植物物种性状数据

说明

该数据集根据生物学属性(形态或生殖)说明了 136 种植物物种

用法

data(plantTraits)

格式

包含以下 31 个变量的 136 个观察值的 DataFrame 。

pdias

一水硬铝石质量 (mg)

longindex

种子库寿命长

durflow

花期

height

植物高度，一个有序因子，级别为 1 < 2 < ... < 8 。

begflow

首次开花时间，级别为 1 < 2 < 3 < 4 < 5 < 6 < 7 < 8 < 9 的有序因子

mycor

菌根，一个有序因子，其水平 0 从不 < 1 有时< 2 总是

vegaer

空中营养繁殖，一个有序因子，其级别 0 永远不会 < 1 存在，但有限< 2 重要。

vegsout

地下无性繁殖，具有 3 个级别的有序因子，与上面的 vegaer 相同。

autopoll

自交授粉，一个有序因子，级别 0 从不 < 1 罕见 < 2 经常 < 规则 3

insects

昆虫授粉，具有 5 个级别的有序因子 0 < ... < 4 。

wind

风授粉，具有 5 个级别的有序因子 0 < ... < 4 。

lign

具有 0:1 级别的二元因子，指示植物是否为木本。

piq

指示植物是否有刺的二元因子。

ros

指示植物是否为莲座丛的二元因子。

semiros

semi-rosette 植物，二元因子(0：否；1：是)。

leafy

多叶植物，二元因子。

suman

每年夏天，一个二元因子。

winan

每年冬季，一个二元因子。

monocarp

单果多年生植物，二元因子。

polycarp

多果多年生植物，二元因子。

seasaes

季节性夏叶，一个二元因子。

seashiv

季节性冬眠叶子，一个二元因子。

seasver

季节性的春叶，一个二元因子。

everalw

叶常青，二元因子。

everparti

叶子部分常绿，是一个二元因子。

elaio

具有二元因子elaiosome(由蚂蚁分散)的水果。

endozoo

内生动物果实，二元因子。

epizoo

Epizoochorous 水果，二元因子。

aquat

水生传播果实，一个二元因子。

windgl

风散果，二元因子。

unsp

种子传播的非专门机制，一个二元因子。

细节

大多数因子属性不是析取的。例如，植物通常可以通过昆虫授粉，但有时也会发生self-pollination。

例子

data(plantTraits)

## Calculation of a dissimilarity matrix
library(cluster)
dai.b <- daisy(plantTraits,
               type = list(ordratio = 4:11, symm = 12:13, asymm = 14:31))

## Hierarchical classification
agn.trts <- agnes(dai.b, method="ward")
plot(agn.trts, which.plots = 2, cex= 0.6)
plot(agn.trts, which.plots = 1)
cutree6 <- cutree(agn.trts, k=6)
cutree6

## Principal Coordinate Analysis
cmdsdai.b <- cmdscale(dai.b, k=6)
plot(cmdsdai.b[, 1:2], asp = 1, col = cutree6)

来源

Vallet, Jeanne (2005) 蔬菜社区结构和城市化梯度生物学特征比较分析。大师回忆录 2 'Ecologie-Biodiversité-Evolution'；巴黎南大学 XI，30p.+ 附件(法语)