R plantTraits 植物物種性狀數據

說明

該數據集根據生物學屬性(形態或生殖)說明了 136 種植物物種

用法

data(plantTraits)

格式

包含以下 31 個變量的 136 個觀察值的 DataFrame 。

pdias

一水硬鋁石質量 (mg)

longindex

種子庫壽命長

durflow

花期

height

植物高度，一個有序因子，級別為 1 < 2 < ... < 8 。

begflow

首次開花時間，級別為 1 < 2 < 3 < 4 < 5 < 6 < 7 < 8 < 9 的有序因子

mycor

菌根，一個有序因子，其水平 0 從不 < 1 有時< 2 總是

vegaer

空中營養繁殖，一個有序因子，其級別 0 永遠不會 < 1 存在，但有限< 2 重要。

vegsout

地下無性繁殖，具有 3 個級別的有序因子，與上麵的 vegaer 相同。

autopoll

自交授粉，一個有序因子，級別 0 從不 < 1 罕見 < 2 經常 < 規則 3

insects

昆蟲授粉，具有 5 個級別的有序因子 0 < ... < 4 。

wind

風授粉，具有 5 個級別的有序因子 0 < ... < 4 。

lign

具有 0:1 級別的二元因子，指示植物是否為木本。

piq

指示植物是否有刺的二元因子。

ros

指示植物是否為蓮座叢的二元因子。

semiros

semi-rosette 植物，二元因子(0：否；1：是)。

leafy

多葉植物，二元因子。

suman

每年夏天，一個二元因子。

winan

每年冬季，一個二元因子。

monocarp

單果多年生植物，二元因子。

polycarp

多果多年生植物，二元因子。

seasaes

季節性夏葉，一個二元因子。

seashiv

季節性冬眠葉子，一個二元因子。

seasver

季節性的春葉，一個二元因子。

everalw

葉常青，二元因子。

everparti

葉子部分常綠，是一個二元因子。

elaio

具有二元因子elaiosome(由螞蟻分散)的水果。

endozoo

內生動物果實，二元因子。

epizoo

Epizoochorous 水果，二元因子。

aquat

水生傳播果實，一個二元因子。

windgl

風散果，二元因子。

unsp

種子傳播的非專門機製，一個二元因子。

細節

大多數因子屬性不是析取的。例如，植物通常可以通過昆蟲授粉，但有時也會發生self-pollination。

例子

data(plantTraits)

## Calculation of a dissimilarity matrix
library(cluster)
dai.b <- daisy(plantTraits,
               type = list(ordratio = 4:11, symm = 12:13, asymm = 14:31))

## Hierarchical classification
agn.trts <- agnes(dai.b, method="ward")
plot(agn.trts, which.plots = 2, cex= 0.6)
plot(agn.trts, which.plots = 1)
cutree6 <- cutree(agn.trts, k=6)
cutree6

## Principal Coordinate Analysis
cmdsdai.b <- cmdscale(dai.b, k=6)
plot(cmdsdai.b[, 1:2], asp = 1, col = cutree6)

來源

Vallet, Jeanne (2005) 蔬菜社區結構和城市化梯度生物學特征比較分析。大師回憶錄 2 'Ecologie-Biodiversité-Evolution'；巴黎南大學 XI，30p.+ 附件(法語)