R externalFormats 读写外部矩阵格式

说明

读取以 Harwell-Boeing 或 MatrixMarket 格式存储的矩阵，或将 sparseMatrix 对象写入其中一种格式。

用法

readHB(file)
readMM(file)
writeMM(obj, file, ...)

参数

obj	实数稀疏矩阵
file	对于writeMM - 要写入的文件的名称。对于 readHB 和 readMM 要读取的文件的名称，作为字符标量。以 Harwell-Boeing 格式存储矩阵的文件名称通常以 ".rua" 或 ".rsa" 结尾。那些以 MatrixMarket 格式存储的矩阵通常以 ".mtx" 结尾。 或者，readHB 和readMM 接受连接对象。
...	可选的附加参数。目前没有任何方法使用。

值

readHB 和readMM 函数返回一个继承自"Matrix" 类的对象。 writeMM 泛型函数的方法通常返回 NULL，并且作为副作用，矩阵 obj 会以 MatrixMarket 格式 (writeMM) 写入 file。

注意

Harwell-Boeing 格式比 MatrixMarket 格式更旧且不太灵活。函数 writeHB 已弃用，现已删除。请改用writeMM。

请注意，这些格式不了解 dimnames 的任何信息，因此它们会被 writeMM() 删除。

导出小型稀疏矩阵 S 的一种非常简单的方法是使用 summary(S) ，它返回 data.frame ，其中包含 i 、 j 和可能的 x ，请参阅 sparseMatrix-class 中的 summary ，以及下面的示例。

例子

str(pores <- readMM(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix")))
str(utm   <- readHB(system.file("external/utm300.rua" , package = "Matrix")))
str(lundA <- readMM(system.file("external/lund_a.mtx" , package = "Matrix")))
str(lundA <- readHB(system.file("external/lund_a.rsa" , package = "Matrix")))
## https://math.nist.gov/MatrixMarket/data/Harwell-Boeing/counterx/counterx.htm
str(jgl   <- readMM(system.file("external/jgl009.mtx" , package = "Matrix")))

## NOTE: The following examples take quite some time
## ----  even on a fast internet connection:
if(FALSE) {
## The URL has been corrected, but we need an untar step:
u. <- url("https://www.cise.ufl.edu/research/sparse/RB/Boeing/msc00726.tar.gz")
str(sm <- readHB(gzcon(u.)))
}

data(KNex, package = "Matrix")
## Store as MatrixMarket (".mtx") file, here inside temporary dir./folder:
(MMfile <- file.path(tempdir(), "mmMM.mtx"))
writeMM(KNex$mm, file=MMfile)
file.info(MMfile)[,c("size", "ctime")] # (some confirmation of the file's)

## very simple export - in triplet format - to text file:
data(CAex, package = "Matrix")
s.CA <- summary(CAex)
s.CA # shows  (i, j, x)  [columns of a data frame]
message("writing to ", outf <- tempfile())
write.table(s.CA, file = outf, row.names=FALSE)
## and read it back -- showing off  sparseMatrix():
str(dd <- read.table(outf, header=TRUE))
## has columns (i, j, x) -> we can use via do.call() as arguments to sparseMatrix():
mm <- do.call(sparseMatrix, dd)
stopifnot(all.equal(mm, CAex, tolerance=1e-15))

参考

https://math.nist.gov/MatrixMarket/

https://sparse.tamu.edu/