R epil 癫痫发作次数

说明

Thall 和 Vail (1990) 给出了 59 名癫痫患者两周癫痫发作计数的数据集。记录 8 周基线期间的癫痫发作次数，然后将患者随机分配到治疗组或对照组。然后记录四个连续两周的计数。受试者的年龄是唯一的协变量。

用法

epil

格式

该 DataFrame 有 236 行和以下 9 列：

y

2 周期间的计数。

trt

处理，"placebo" 或 "progabide" 。

base

基线 8 周内的计数。

age

对象的年龄，以年为单位。

V4

0/1 周期 4 的指示变量。

subject

主题编号，1 到 59。

period

期间，1 至 4。

lbase

log-counts 为基线期，以零均值为中心。

lage

log-ages，以零均值为中心。

例子

## IGNORE_RDIFF_BEGIN
summary(glm(y ~ lbase*trt + lage + V4, family = poisson,
            data = epil), correlation = FALSE)
## IGNORE_RDIFF_END
epil2 <- epil[epil$period == 1, ]
epil2["period"] <- rep(0, 59); epil2["y"] <- epil2["base"]
epil["time"] <- 1; epil2["time"] <- 4
epil2 <- rbind(epil, epil2)
epil2$pred <- unclass(epil2$trt) * (epil2$period > 0)
epil2$subject <- factor(epil2$subject)
epil3 <- aggregate(epil2, list(epil2$subject, epil2$period > 0),
   function(x) if(is.numeric(x)) sum(x) else x[1])
epil3$pred <- factor(epil3$pred,
   labels = c("base", "placebo", "drug"))

contrasts(epil3$pred) <- structure(contr.sdif(3),
    dimnames = list(NULL, c("placebo-base", "drug-placebo")))
## IGNORE_RDIFF_BEGIN
summary(glm(y ~ pred + factor(subject) + offset(log(time)),
            family = poisson, data = epil3), correlation = FALSE)
## IGNORE_RDIFF_END

summary(glmmPQL(y ~ lbase*trt + lage + V4,
                random = ~ 1 | subject,
                family = poisson, data = epil))
summary(glmmPQL(y ~ pred, random = ~1 | subject,
                family = poisson, data = epil3))

来源

Thall, P. F. 和 Vail, S. C. (1990) over-dispersion 纵向计数数据的一些协方差模型。生物识别学 46, 657-671。

参考

Venables, W. N. and Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer.