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R epil 癲癇發作次數


R語言 epil 位於 MASS 包(package)。

說明

Thall 和 Vail (1990) 給出了 59 名癲癇患者兩周癲癇發作計數的數據集。記錄 8 周基線期間的癲癇發作次數,然後將患者隨機分配到治療組或對照組。然後記錄四個連續兩周的計數。受試者的年齡是唯一的協變量。

用法

epil

格式

該 DataFrame 有 236 行和以下 9 列:

y

2 周期間的計數。

trt

處理,"placebo""progabide"

base

基線 8 周內的計數。

age

對象的年齡,以年為單位。

V4

0/1 周期 4 的指示變量。

subject

主題編號,1 到 59。

period

期間,1 至 4。

lbase

log-counts 為基線期,以零均值為中心。

lage

log-ages,以零均值為中心。

例子

## IGNORE_RDIFF_BEGIN
summary(glm(y ~ lbase*trt + lage + V4, family = poisson,
            data = epil), correlation = FALSE)
## IGNORE_RDIFF_END
epil2 <- epil[epil$period == 1, ]
epil2["period"] <- rep(0, 59); epil2["y"] <- epil2["base"]
epil["time"] <- 1; epil2["time"] <- 4
epil2 <- rbind(epil, epil2)
epil2$pred <- unclass(epil2$trt) * (epil2$period > 0)
epil2$subject <- factor(epil2$subject)
epil3 <- aggregate(epil2, list(epil2$subject, epil2$period > 0),
   function(x) if(is.numeric(x)) sum(x) else x[1])
epil3$pred <- factor(epil3$pred,
   labels = c("base", "placebo", "drug"))

contrasts(epil3$pred) <- structure(contr.sdif(3),
    dimnames = list(NULL, c("placebo-base", "drug-placebo")))
## IGNORE_RDIFF_BEGIN
summary(glm(y ~ pred + factor(subject) + offset(log(time)),
            family = poisson, data = epil3), correlation = FALSE)
## IGNORE_RDIFF_END

summary(glmmPQL(y ~ lbase*trt + lage + V4,
                random = ~ 1 | subject,
                family = poisson, data = epil))
summary(glmmPQL(y ~ pred, random = ~1 | subject,
                family = poisson, data = epil3))

來源

Thall, P. F. 和 Vail, S. C. (1990) over-dispersion 縱向計數數據的一些協方差模型。生物識別學 46, 657-671。

參考

Venables, W. N. and Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer.

相關用法


注:本文由純淨天空篩選整理自R-devel大神的英文原創作品 Seizure Counts for Epileptics。非經特殊聲明,原始代碼版權歸原作者所有,本譯文未經允許或授權,請勿轉載或複製。