本文整理汇总了Python中oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap方法的具体用法？Python TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap怎么用？Python TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils的用法示例。
在下文中一共展示了TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: _determine_if_cds_overlap
# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import test_feature_overlap [as 别名]
def _determine_if_cds_overlap(self, s, e, tx, variant_type):
if variant_type == VariantClassification.VT_INS:
is_cds_overlap = TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap(s, s, tx.get_cds()) != -1
else:
is_cds_overlap = TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap(s, e, tx.get_cds()) != -1
return is_cds_overlap示例2: _determine_exon_index
# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import test_feature_overlap [as 别名]
def _determine_exon_index(self, s, e, tx, variant_type):
if variant_type != VariantClassification.VT_INS:
return TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap(s, e, tx.get_exons())
else:
return TranscriptProviderUtils.test_feature_overlap(s, s, tx.get_exons())