本文整理汇总了Python中oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils.render_protein_change方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python TranscriptProviderUtils.render_protein_change方法的具体用法？Python TranscriptProviderUtils.render_protein_change怎么用？Python TranscriptProviderUtils.render_protein_change使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils的用法示例。
在下文中一共展示了TranscriptProviderUtils.render_protein_change方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: generate_protein_change_from_vc
# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import render_protein_change [as 别名]
def generate_protein_change_from_vc(self, vc):
"""
:param vc: VariantClassification
:return:
"""
prot_position_start = vc.get_ref_protein_start()
prot_position_end = vc.get_ref_protein_end()
if prot_position_start == "" or prot_position_end == "":
return ""
ref_prot_allele = vc.get_ref_aa()
alt_prot_allele = vc.get_alt_aa()
result = TranscriptProviderUtils.render_protein_change(vc.get_vt(), vc.get_vc(), int(prot_position_start), int(prot_position_end), ref_prot_allele, alt_prot_allele, vc.get_secondary_vc())
return result示例2: test_render_protein_change
# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import render_protein_change [as 别名]
def test_render_protein_change(self, variant_type, variant_classification, secondary_vc, prot_position_start, prot_position_end, ref_prot_allele, alt_prot_allele, strand, gt):
"""Simple test of protein change, once parameters have been rendered. """
guess = TranscriptProviderUtils.render_protein_change(variant_type, variant_classification, prot_position_start, prot_position_end, ref_prot_allele, alt_prot_allele, secondary_vc)
self.assertTrue(guess == gt, "Incorrect guess gt <> guess: %s <> %s" % (gt, guess))