本文整理汇总了Python中oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space方法的具体用法？Python TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space怎么用？Python TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils的用法示例。
在下文中一共展示了TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_convert_genomic_space_to_transcript_space
# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import convert_genomic_space_to_transcript_space [as 别名]
def test_convert_genomic_space_to_transcript_space(self):
base_config_location = "testdata/ensembl/saccer/"
ensembl_ds = DatasourceFactory.createDatasource(base_config_location + "ensembl.config", base_config_location)
tx = ensembl_ds.get_overlapping_transcripts("I", "350", "350") # transcript starts at 335.
start, end = TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space("350", "350", tx[0])
self.assertTrue(start == end)
self.assertTrue(start == 16)
tx = ensembl_ds.get_overlapping_transcripts("II", "764690", "764690") # transcript starts at 764697 (strand is '-').
start, end = TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space("764690", "764690", tx[0])
self.assertTrue(start == end)
self.assertTrue(start == 7)
start, end = TranscriptProviderUtils.convert_genomic_space_to_transcript_space("764680", "764690", tx[0])
self.assertTrue(start == (end - 10))
self.assertTrue(start == 7)