本文整理汇总了Python中oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change方法的具体用法？Python TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change怎么用？Python TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils的用法示例。
在下文中一共展示了TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: generate_codon_change_from_vc
# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import render_intronic_splice_site_codon_change [as 别名]
def generate_codon_change_from_vc(self, t, start, end, vc):
"""
:param t: (Transcript)
:param start: (int)
:param end: (int)
:param vc: (VariantClassification)
:return:
"""
dist_from_exon = self._get_splice_site_coordinates(t, start, end, vc.get_exon_i())
exon_i = vc.get_exon_i()
if vc.get_vc() == VariantClassification.SPLICE_SITE and vc.get_secondary_vc() == VariantClassification.INTRON:
return TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change(dist_from_exon, exon_i)
if vc.get_ref_codon_start_in_exon() == "" or vc.get_ref_codon_end_in_exon() == "":
return ""
codon_position_start_cds_space = int(vc.get_ref_codon_start_in_exon()) - int(vc.get_cds_start_in_exon_space())+1
codon_position_end_cds_space = int(vc.get_ref_codon_end_in_exon()) - int(vc.get_cds_start_in_exon_space())+1
ref_codon_seq = vc.get_ref_codon()
alt_codon_seq = vc.get_alt_codon()
result = TranscriptProviderUtils.render_codon_change(vc.get_vt(), vc.get_vc(), int(codon_position_start_cds_space), int(codon_position_end_cds_space), ref_codon_seq, alt_codon_seq, dist_from_exon, exon_i, vc.get_secondary_vc())
return result