Python TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法代码示例

本文整理汇总了Python中oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法的具体用法？Python TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space怎么用？Python TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils的用法示例。

在下文中一共展示了TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: _calculate_protein_sequence

# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import _convert_genomic_space_to_feature_space [as 别名]
    def _calculate_protein_sequence(self, exons, seq, cds_start_genomic_space, cds_stop_genomic_space, strand):
        cds_start_exon_space, cds_stop_exon_space = TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space(int(cds_start_genomic_space), int(cds_stop_genomic_space), exons, strand)

        prot_seq = MutUtils.translate_sequence(seq[int(cds_start_exon_space):int(cds_stop_exon_space)])
        if len(prot_seq) > 0 and prot_seq[-1] == '*':
            prot_seq = prot_seq[:-1]

        return prot_seq

注：本文中的oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。