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Python TranscriptProviderUtils.render_codon_change方法代码示例

本文整理汇总了Python中oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils.render_codon_change方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python TranscriptProviderUtils.render_codon_change方法的具体用法?Python TranscriptProviderUtils.render_codon_change怎么用?Python TranscriptProviderUtils.render_codon_change使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils的用法示例。


在下文中一共展示了TranscriptProviderUtils.render_codon_change方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: generate_codon_change_from_vc

# 需要导入模块: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import render_codon_change [as 别名]
    def generate_codon_change_from_vc(self, t, start, end, vc):
        """

        :param t: (Transcript)
        :param start: (int)
        :param end:  (int)
        :param vc:  (VariantClassification)

        :return:
        """
        dist_from_exon = self._get_splice_site_coordinates(t, start, end, vc.get_exon_i())
        exon_i = vc.get_exon_i()
        if vc.get_vc() == VariantClassification.SPLICE_SITE and vc.get_secondary_vc() == VariantClassification.INTRON:
            return TranscriptProviderUtils.render_intronic_splice_site_codon_change(dist_from_exon, exon_i)

        if vc.get_ref_codon_start_in_exon() == "" or vc.get_ref_codon_end_in_exon() == "":
            return ""

        codon_position_start_cds_space = int(vc.get_ref_codon_start_in_exon()) - int(vc.get_cds_start_in_exon_space())+1
        codon_position_end_cds_space = int(vc.get_ref_codon_end_in_exon()) - int(vc.get_cds_start_in_exon_space())+1

        ref_codon_seq = vc.get_ref_codon()
        alt_codon_seq = vc.get_alt_codon()

        result = TranscriptProviderUtils.render_codon_change(vc.get_vt(), vc.get_vc(), int(codon_position_start_cds_space), int(codon_position_end_cds_space), ref_codon_seq, alt_codon_seq, dist_from_exon, exon_i, vc.get_secondary_vc())
        return result
开发者ID:alexramos,项目名称:oncotator,代码行数:28,代码来源:VariantClassifier.py


注:本文中的oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils.render_codon_change方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。