本文整理汇总了Python中forcebalance.molecule.Molecule.tinkersuf方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.tinkersuf方法的具体用法？Python Molecule.tinkersuf怎么用？Python Molecule.tinkersuf使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类forcebalance.molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.tinkersuf方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: Molecule
# 需要导入模块: from forcebalance.molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from forcebalance.molecule.Molecule import tinkersuf [as 别名]
#!/usr/bin/env python
from builtins import range
from forcebalance.molecule import Molecule
import os, sys
# Load in the Gromacs .gro file to be converted to TINKER format.
M = Molecule(sys.argv[1])
# Build the line suffix for the TINKER format.
tinkersuf = []
for i in range(M.na):
if i%3==0:
tinkersuf.append("%5i %5i %5i" % (1, i+2, i+3))
else:
tinkersuf.append("%5i %5i" % (2, i-i%3+1))
M.tinkersuf = tinkersuf
# Delete the periodic box.
del M.Data['boxes']
# Write the TINKER output format.
M.write(os.path.splitext(sys.argv[1])[0]+'.xyz', ftype='tinker')